找到两个文件bash的不匹配行

发布时间：2020-12-15 22:43:22 所属栏目：安全来源：网络整理

导读：我仍然是bash的新手,我发现了与我相似的问题,但我仍然无法解决我的问题.我有两个文件,每个文件有2列,用空格分隔. 档案1： 1 AGCATTTTTCAAACGAAAGATTTACTACCGATGTGT 2 TGCTCACCAACAAAAACAGGCGTCTCAGCAGCAGCA 3 GATCGAACCGGCTGCCTACTGCGTGTAAAGCCGCCC 4 CCGACA

我仍然是bash的新手,我发现了与我相似的问题,但我仍然无法解决我的问题.我有两个文件,每个文件有2列,用空格分隔.

档案1：

1 AGCATTTTTCAAACGAAAGATTTACTACCGATGTGT  
2 TGCTCACCAACAAAAACAGGCGTCTCAGCAGCAGCA  
3 GATCGAACCGGCTGCCTACTGCGTGTAAAGCCGCCC  
4 CCGACACAGAGAACATTAGAATACTCAGAGCCATNN   
5 TAAGCCTGAGCCTAAACCTAAGCCTAAACATAAGAA  
6 AGCAGAGAAGAGATGAGTTGTCGAGTGAGGCGTAAG  
7 AACGTTGAAAAATTATCCCGTCAACAGTCTCCAGAA  
8 GCCAGAGAGTAAAATATTGGGTGAAGCCAGAGAGTA  
9 TGCTCACCAACAAAAACAGGCGTCTCAGCAGCAGCA

档案2：

1 AGCATTTTTCAAACGAAAGATTTACTACCGATGTGT  
2 TGCTCACCAACAAAAACAGGCGTCTCAGCAGCAGCA  
3 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN  
4 CCGACACAGAGAACATTAGAATACTCAGAGCCATNN  
5 TAAGCCTGAGCCTAAACCTAAGCCTAAACATAAGAA  
6 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN  
7 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN  
8 GCCAGAGAGTAAAATATTGGGTGAAGCCAGAGAGTA  
9 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN

我想逐行比较每个文件的第二列,并输出仅包含不匹配行的第三个文件.

输出：

3 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
6 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
7 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
9 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN

解决方法

你可以使用awk：

awk 'NR==FNR{a[$2];next} !($2 in a)' file1 file2
3 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
6 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
7 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
9 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN

说明：

NR == FNR {                  # While processing the first file
  a[$2]                      # just push the second field in an array
  next                       # move to next record of first file
}
!($2 in a)                   # print lines from file2 if array a doesn't that line

（编辑：李大同）

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