unix – grep,awk或sed？在一个文件中打印匹配另一个文件中的模

发布时间：2020-12-15 18:47:36 所属栏目：安全来源：网络整理

导读：我有一个超过40.000行(file1)的文件,我想提取匹配在file2(约6000行)中的模式的行.我使用这样的grep,但它是非常慢的： grep -f file2 file1出有没有更快的方法来使用awk或sed？以下是我的文件中的一些摘录： File1:scitn003869.2| scign003869 CGCATGTGTGCA

我有一个超过40.000行(file1)的文件,我想提取匹配在file2(约6000行)中的模式的行.我使用这样的grep,但它是非常慢的：
grep -f file2 file1>出

有没有更快的方法来使用awk或sed？

以下是我的文件中的一些摘录：

File1:
scitn003869.2| scign003869 CGCATGTGTGCATGTATTATCGTATCCCTTG
scitn007747.1| scign007747  CACGCAGACGCAGTGGAGCATTCCAGGTCACAA
scitn003155.1| scign003155  TAAAAATCGTTAGCACTCGCTTGGTACACTAAC
scitn018252.1| scign018252  CGTGTGTGTGCATATGTGTGCATGCGTG
scitn004671.2| scign004671  TCCTCAGGTTTTGAAAGGCAGGGTAAGTGCT

File2:
scign000003
scign000004
scign000005
scign004671
scign000013

尝试grep -Fwf file2 file1>出

-F选项指定纯字符串匹配,所以应该更快,而不必使用正则表达式引擎.

（编辑：李大同）

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