linux – 如何根据列K的长度对选项卡格式文件进行排序

发布时间：2020-12-14 01:27:19 所属栏目：Linux 来源：网络整理

导读：我有一个空格分隔的表格文件,如下所示： NODE 28 length 23 cov 11.043478 ACATCCCGTTACGGTGAGCCGAAAGACCTTATGTATTTTGTGGNODE 32 length 21 cov 13.857142 ACAGATGTCATGAAGAGGGCATAGGCGTTATCCTTGACTGGNODE 33 length 28 cov 14.035714 TAGGCGTTATCCTTGACTGGG

我有一个空格分隔的表格文件,如下所示：

>NODE 28 length 23 cov 11.043478 ACATCCCGTTACGGTGAGCCGAAAGACCTTATGTATTTTGTGG
>NODE 32 length 21 cov 13.857142 ACAGATGTCATGAAGAGGGCATAGGCGTTATCCTTGACTGG
>NODE 33 length 28 cov 14.035714 TAGGCGTTATCCTTGACTGGGTTCCTGCCCACTTCCCGAAGGACGCAC

如何使用Unix排序按DNA序列[ATCG]的长度对其进行排序？

解决方法

这个流水线的命令也会计算出长度.我的Unix有点生疏已经做了一段时间的其他事情

$awk '{printf("%d %sn",length($NF),$0)}' junk.lst|sort -n -k1,1|sed 's/^[0-9]* //'

（编辑：李大同）

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