python – 氨基酸结合位点发现,蛋白质数据库

我试图找出属于两个不同链的两个原子是否会被视为“束缚”.这是基于以下事实：如果距离(欧几里得,可以通过给定的x,y,z坐标找到)比两个原子的范德华加0.5A那么它被认为是束缚的.问题是我不明白如何计算每个原子的范德华力.因为在PDB中,原子名称类似于CB1,CA等,而不是单个原子.我知道N的Waals半径.我可以编写代码来计算原子之间的原子距离,但我没有做范德瓦尔斯部分,这是必不可少的.这是我编写的代码,用于从两个链中提取信息以及PDB的链接：

http://www.rcsb.org/pdb/explore.do?structureId=3KUD

a = open('3kud.pdb','r') # opening the PDB file
b = a.readlines()  # reading the file line by line
c = [x.strip('n') for x in b]  # extracting 'n' from each line
d = []
# Creating a function that extract information from the given PDB list(only the ATOM parts)
def pdbread():
    global c # calling c in order to define d based on c.
    global d # empty list that contains all the atoms in the list
    for i in range(len(c)):
        if c[i].startswith('ATOM'):
            d.append(c[i])
        else:
            continue
    return d
print 'The atom part of the given PDB file',pdbread()

w = []  # I,then,splitted the given whole atom list part so that each column could be read on the file.
for i in range(len(d)):
    line = d[i].split()
    w.append(line)
    Chain_A = []
    Chain_B = []
    for z in w:
        if z[4] == 'A':
            Chain_A.append(z)
        if z[4] == 'B':
            Chain_B.append(z)

print 'Splitted form of the atom part of the PDB file',w
print 'Chain A :',Chain_A
print 'Chain B:',Chain_B

我可以在这两个链之间创建for循环并比较距离,只要我得到如何计算两个可能相互作用的原子之间的范德华半径.

编辑：我决定继续前进,假设每个原子是第一个字母,使得CB,OG1分别是碳和氧,并将采用他们的范德华值.尽管如此,我仍然在努力编写代码来创建两个链之间的循环并以形式计算距离
如果’vanderWaalsOfatomOfChainA vanderWaalsOfatomOfChainB 0.5’> ‘他们的距离基于欧几里德公式’：等

编辑：我设法将范德华半径添加到Chain_A和Chain_B中的每个列表,这里是代码：

for z in w:
    if z[2][0] == 'N':
        z.append(1.55)
    if z[2][0] == 'O':
        z.append(1.52)
    if z[2][0] == 'C':
        z.append(1.7)
    if z[2][0] == 'S':
        z.append(1.8)
    if z[2][0] == 'H':
        z.append(1.2)

但我需要的是找出如何为两个链创建一个for循环.我的意思是我必须比较A和B的所有原子.12.每个列表中的槽给出范德华半径,我需要计算每个A列表的第12个加上每个B列表的第12个加0.5并将其与欧几里德公式！

最终编辑：写了这段代码,但它不起作用！基于这个想法,我必须将Chain_A的每个元素与Chain_B进行比较.

A_binding = []
B_binding = []
for x,y in zip(Chain_A,Chain_B):
    if x[12] + y[12] + 0.5 > sqrt((float(x[6])-float(y[6]))**2 + (float(x[7])-float(y[7]))**2 + (float(x[8])-float(y[8]))**2):
        A_binding.append(x)
        B_binding.append(y)
print A_binding
print B_binding