python – Snakemake中的当前规则的名称
发布时间:2020-12-20 13:15:22 所属栏目:Python 来源:网络整理
导读:我正在使用Snakemake,我无法找到访问当前规则名称的方法. 例如,有没有办法获得这样的访问: rule job1: input: check_inputs(rules.current.name) output: ... 当check_inputs函数对于每个规则或多或少相同时,这可能非常有用. 当然,我做了这个,它的工作原理
我正在使用Snakemake,我无法找到访问当前规则名称的方法.
例如,有没有办法获得这样的访问: rule job1: input: check_inputs(rules.current.name) output: ... 当check_inputs函数对于每个规则或多或少相同时,这可能非常有用. 当然,我做了这个,它的工作原理: rule job1: input: check_inputs("job1") output: ... 但是,我想知道如果存在更多“Snakemaker方式”来获取当前规则的名称,以避免每次都写入/硬编码规则的名称. 任何形式的帮助或建议都将受到高度赞赏. — EDIT1 — 例如,可以快速访问当前规则的名称{rules.current},因为{rules.myrule.name}也是重复的. 解决方法
我认为rule.name应该可行,但看起来它只是规则,但不能在所有上下文中使用:参见
https://bitbucket.org/snakemake/snakemake/issues/199/rule-name-cant-be-accessed-by-rule-in
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