Python pandas：读取带有多个表重复序言的csv

发布时间：2020-12-20 13:11:23 所属栏目：Python 来源：网络整理

导读：是否有 pythonic方法来确定CSV文件中的哪些行包含标题和值以及哪些行包含垃圾,然后将标题/值行添加到数据框中？我是python的新手,并且一直用它来读取从科学仪器的数据记录中导出的多个CSV,到目前为止处理其他任务的CSV时,我一直默认使用pandas库.但是,这些C

是否有 pythonic方法来确定CSV文件中的哪些行包含标题和值以及哪些行包含垃圾,然后将标题/值行添加到数据框中？

我是python的新手,并且一直用它来读取从科学仪器的数据记录中导出的多个CSV,到目前为止处理其他任务的CSV时,我一直默认使用pandas库.但是,这些CSV导出可能会根据每台仪器上记录的“测试”数量而有所不同.

仪器之间的列标题和数据结构是相同的,但是有一个“前导码”将每个可以改变的测试分开.所以我最终看起来像这样的备份(对于这个例子,有两个测试,但可能有任何数量的测试)：

blah blah here's a test and  
here's some information  
you don't care about  
even a little bit  
header1,header2,header3  
1,2,3  
4,5,6  

oh you have another test  
here's some more garbage  
that's different than the last one  
this should make  
life interesting  
header1,header3  
7,8,9  
10,11,12  
13,14,15

如果每次我只使用skiprow参数时它是一个固定长度的前导码,但前导码是可变长度的,并且每个测试中的行数是可变长度的.

我的最终目标是能够合并所有测试,最终得到如下结果：

header1,6  
7,15

然后我可以像往常一样用熊猫操纵.

我已经尝试了以下内容来查找带有预期标头的第一行：

import csv
import pandas as pd

with open('my_file.csv','rb') as input_file:    
    for row_num,row in enumerate(csv.reader(input_file,delimiter=',')):
        # The CSV module will return a blank list []
        # so added the len(row)>0 so it doesn't error out
        # later when searching for a string
        if len(row) > 0:
            # There's probably a better way to find it,but I just convert
            # the list to a string then search for the expected header
            if "['header1','header2','header3']" in str(row):
                header_row = row_num

    df = pd.read_csv('my_file.csv',skiprows = header_row,header=0)
    print df

如果我只有一个测试因为它找到了第一行包含标题,那么这是有效的,但当然header_row变量会在找到标题时再次更新,所以在上面的例子中我最终得到了输出：

header1   header2   header3  
0        7         8           9
1       10        11          12
2       13        14          15

在继续搜索标头/数据集的下一个实例之前,我迷失了如何将标头/数据集的每个实例附加到数据帧.

在处理大量文件时,使用csv模块然后再次使用pandas打开一次文件可能效率不高.

解决方法

该计划可能有所帮助.它本质上是csv.reader()对象的包装器,它将包装好的数据输出.

import pandas as pd
import csv
import sys


def ignore_comments(fp,start_fn,end_fn,keep_initial):
    state = 'keep' if keep_initial else 'start'
    for line in fp:
        if state == 'start' and start_fn(line):
            state = 'keep'
            yield line
        elif state == 'keep':
            if end_fn(line):
                state = 'drop'
            else:
                yield line
        elif state == 'drop':
            if start_fn(line):
                state = 'keep'

if __name__ == "__main__":

    df = open('x.in')
    df = csv.reader(df,skipinitialspace=True)
    df = ignore_comments(
        df,lambda x: x == ['header1','header3'],lambda x: x == [],False)

    df = pd.read_csv(df,engine='python')
    print df

（编辑：李大同）

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