如何为每个字符赋值并使用python或awk查找平均值？
发布时间：2020-12-20 12:20:33 所属栏目：Python 来源：网络整理
导读：我有一个文本文件,其中包含蛋白质序列(200个序列),如下所示. ptn1AAGHMptn2MGLKKRR 我需要为seqence的每个字符提供以下值,并且必须找到每个序列的平均值. A= 0.2,G= 0.5,L=0.14,M= 0.70,R= 0.55,C=0.48,H= 1.00,K=0.4 期望的输出 ptn1 - 0.52ptn2 - 0.462 我
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我有一个文本文件,其中包含蛋白质序列(200个序列),如下所示.
>ptn1 AAGHM >ptn2 MGLKKRR 我需要为seqence的每个字符提供以下值,并且必须找到每个序列的平均值. A= 0.2,G= 0.5,L=0.14,M= 0.70,R= 0.55,C=0.48,H= 1.00,K=0.4 期望的输出 ptn1 - 0.52 ptn2 - 0.462 我怎么能用awk或python做到这一点？ 您的建议将不胜感激 解决方法
FS =“”需要gawk
http://www.gnu.org/software/gawk/manual/html_node/Single-Character-Fields.html#Single-Character-Fields 用法： awk -f foo.awk foo.txt BEGIN {
FS=""
k["A"]=0.2; k["G"]=0.5; k["L"]=0.14; k["M"]=0.70
k["R"]=0.55; k["C"]=0.48; k["H"]=1.00; k["K"]=0.4
}
/^>/{
$1=""
name=$0
next
}
{
s=0
for (i=1; i<=NF; i++) {
s+=k[$(i)]
}
printf "%s - %.3fn",name,s/NF
}
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