如何控制提交网格作业时使用的Perl版本？

发布时间：2020-12-16 06:27:14 所属栏目：大数据来源：网络整理

导读：我正在使用SGE(Sun Grid Engine)向网格提交作业.我还使用perlbrew来管理我安装的Perl版本. 我写了一些简短的脚本,用于运行perl脚本,需要特定的Perl版本(5.12.2),如下所示： #!/bin/bash#$-S /bin/bashsource /home/dave/.bash_profile/home/dave/perl5/perlb

我正在使用SGE(Sun Grid Engine)向网格提交作业.我还使用perlbrew来管理我安装的Perl版本.
我写了一些简短的脚本,用于运行perl脚本,需要特定的Perl版本(5.12.2),如下所示：

#!/bin/bash
#$-S /bin/bash

source /home/dave/.bash_profile
/home/dave/perl5/perlbrew/bin/perlbrew switch perl-5.12.2

/home/dave/scripts/proc_12.pl --in=/home/dave/in/in.store --dir=/home/dave/in/dir2 --params=/home/dave/in/params.p

现在,当我提交单个作业时,一切正常,但是当我提交很多时,我开始收到与perlbrew相关的错误消息,例如：

ln: creating symbolic link `current' to `perl-5.12.2': File exists
ln: creating symbolic link `/home/dave/perl5/perlbrew/bin/cpan' to `/home/dave/perl5/perlbrew/perls/current/bin/cpan': File exists
ln: creating symbolic link `/home/dave/perl5/perlbrew/bin/cpan2dist' to `/home/dave/perl5/perlbrew/perls/current/bin/cpan2dist': File exists
ln: cannot remove `/home/dave/perl5/perlbrew/bin/cpanp': No such file or directory
ln: cannot remove `/home/dave/perl5/perlbrew/bin/enc2xs': No such file or directory
ln: cannot remove `/home/dave/perl5/perlbrew/bin/find2perl': No such file or directory

所以我猜/ home / dave / perl5 / perlbrew / bin / perlbrew开关perl-5.12.2行引起了问题.

我能做什么？

如何使用perl-5.12.2(默认值为5.8.8)运行脚本？

解决方法

我不建议将perlbrew开关perl-5.12.2放在你运行的任何脚本中.它实际上只用于命令行使用.

如果你需要一个脚本来使用特定版本的Perl,那么要在shebang上给它一个完整的perlbrew路径：

#!/home/dave/perl5/perlbrew/perls/perl-5.12.2/bin/perl

use 5.012;
use warnings;
...

然后确保其可执行文件并运行如下：

chmod +x your_perl_program.pl
./your_perl_program.pl

或者在脚本中使用perl二进制文件的完整路径名：

#!/bin/bash

/home/dave/perl5/perlbrew/perls/perl-5.12.2/bin/perl your_perl_program.pl

顺便说一句,如果您在脚本或perl程序中运行任何不合格的内容,您将面临潜在的生产和安全问题.例如：

#!/bin/sh

# security risk
perl some_script.pl

# and not just perl
tar cvf archive.tar *.txt

# production risk
/home/dave/perl5/perlbrew/bin/perl some_other_script.pl

前两个是糟糕的,因为它会拿起第一个perl&它在你的道路上找到了tar.所以这取决于$PATH设置,这可能会成为安全风险.最后一个也不好,因为它依赖perl perlbrew当前切换到它运行的时间点:(

这样做可能是一个潜在的生产和安全噩梦.相反,上面应该这样写：

#!/bin/sh

# fully qualified now.  Uses OS provided perl
/usr/bin/perl some_script.pl

# ditto
/usr/bin/tar cvf archive.tar *.txt

# this needs to run in perl 5.12.2
/home/dave/perl5/perlbrew/perls/perl-5.12.2/bin/perl some_other_script.pl

希望一切都有意义吗？

（编辑：李大同）

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