根据ID列表提取fasta序列
发布时间:2020-12-15 23:54:45 所属栏目:大数据 来源:网络整理
导读:根据基因列表,从总的fasta文件中提取相关的序列,是经常遇到的问题,这个脚本很好地帮助我实现这个动作,很速度。 用法:perl $0 gene.list ? *fa ? out #! /usr/bin/perl -wuse strict;die "perl $0 lstfan" unless @ARGV==2;my ($lst,$fa)=@ARGV;open IN
根据基因列表,从总的fasta文件中提取相关的序列,是经常遇到的问题,这个脚本很好地帮助我实现这个动作,很速度。 用法:perl $0 gene.list ? *fa ?> out #! /usr/bin/perl -w use strict; die "perl $0 <lst><fa>n" unless @ARGV==2; my ($lst,$fa)=@ARGV; open IN,$lst||die; my %ha; map{chomp;$ha{(split)[0]}=1}<IN>; close IN; $fa=~/gz$/?(open IN,"gzip -cd $fa|"||die):(open IN,$fa||die); $/=">";<IN>;$/="n"; my %out; while(<IN>){ my $info=$1 if(/^(S+)/); $/=">"; my $seq=<IN>; $/="n"; $seq=~s/>|r|*//g; print ">$infon$seq" if(exists $ha{$info} && ! exists $out{$info}); $out{$info}=1; } close IN; (编辑:李大同) 【声明】本站内容均来自网络,其相关言论仅代表作者个人观点,不代表本站立场。若无意侵犯到您的权利,请及时与联系站长删除相关内容! |