合并部分匹配字符串
发布时间：2020-12-15 22:04:54 所属栏目：大数据 来源：网络整理
导读：我正在努力尝试组合来自两个文件的部分匹配的字符串. 文件1包含唯一字符串列表.这些字符串与文件2中的许多字符串部分匹配.如何为每个匹配的大小写合并文件1中的行和文件2 文件1 mmu-miR-677-5p_MIMAT0017239mmu-miR-181a-1-3p_MIMAT0000660 文件2 mmu-miR-67
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我正在努力尝试组合来自两个文件的部分匹配的字符串.
文件1包含唯一字符串列表.这些字符串与文件2中的许多字符串部分匹配.如何为每个匹配的大小写合并文件1中的行和文件2 文件1 mmu-miR-677-5p_MIMAT0017239 mmu-miR-181a-1-3p_MIMAT0000660 文件2 mmu-miR-677-5p_CTTCAGTGATGATTAGCTTCTGA mmu-miR-677-5p_CTTCAGTGATGATTAGCTTCTGACT mmu-miR-677-5p_TTCAGTGATGATTAGCTTCTGACT mmu-miR-181a-1-3p_ACCATCGACCGTTGATTGTAC mmu-miR-181a-1-3p_ACCATCGACCGTTGATTGTACC 期望的输出 mmu-miR-677-5p_MIMAT0017239 mmu-miR-677-5p_CTTCAGTGATGATTAGCTTCTGA mmu-miR-677-5p_MIMAT0017239 mmu-miR-677-5p_CTTCAGTGATGATTAGCTTCTGACT mmu-miR-677-5p_MIMAT0017239 mmu-miR-677-5p_TTCAGTGATGATTAGCTTCTGACT mmu-miR-181a-1-3p_MIMAT0000660 mmu-miR-181a-1-3p_ACCATCGACCGTTGATTGTAC mmu-miR-181a-1-3p_MIMAT0000660 mmu-miR-181a-1-3p_ACCATCGACCGTTGATTGTACC 我尝试在R中使用pmatch(),但是没有把它弄好.我看起来像perl会处理的东西？ 也许是这样的： perl -ne'exec q;perl;,"-ne",q $print (/Q$.$1.q;/?"$. YES":$. .q; NO;);,"file2" if m;^(.*)_pat1;' file1 解决方法
这是一个简短的Perl解决方案,它将来自file1的所有数据保存在哈希中,然后在扫描file2时检索它
use strict;
use warnings;
use autodie;
my @files = qw/ file1.txt file2.txt /;
my %file1 = do {
open my $fh,'<',$files[0];
map /([^_]+)_(S+)/,<$fh>;
};
open my $fh,$files[1];
while (<$fh>) {
my ($key) = /([^_]+)/;
printf "%-32s%s","${key}_$file1{$key}",$_;
}
产量 mmu-miR-677-5p_MIMAT0017239 mmu-miR-677-5p_CTTCAGTGATGATTAGCTTCTGA mmu-miR-677-5p_MIMAT0017239 mmu-miR-677-5p_CTTCAGTGATGATTAGCTTCTGACT mmu-miR-677-5p_MIMAT0017239 mmu-miR-677-5p_TTCAGTGATGATTAGCTTCTGACT mmu-miR-181a-1-3p_MIMAT0000660 mmu-miR-181a-1-3p_ACCATCGACCGTTGATTGTAC mmu-miR-181a-1-3p_MIMAT0000660 mmu-miR-181a-1-3p_ACCATCGACCGTTGATTGTACC （编辑：李大同） 【声明】本站内容均来自网络，其相关言论仅代表作者个人观点，不代表本站立场。若无意侵犯到您的权利，请及时与联系站长删除相关内容! |