可以把一个fasta序列格式的核酸序列 转换为其反向互补链，并且每

以下代码由PHP站长网 52php.cn收集自互联网

现在PHP站长网小编把它分享给大家，仅供参考

#!/usr/bin/env perl

use strict;
use warnings;

local $/ = ">";
while(<>){
	chomp;
	my $lineSepPos = index($_,"n");
	my $header = substr($_,$lineSepPos);
	if($header){
		print(">",$header," (reverse-complemented)n");
		my $sequence = reverse(substr($_,$lineSepPos));
		# see http://shootout.alioth.debian.org/u32/performance.php?test=revcomp#about
		# for ambiguity codes and translation
		$sequence =~ tr/ACGTUMRWSYKVHDBNacgtumrwsykvhdbnn/TGCAAKYWSRMBDHVNtgcaakywsrmbdhvn/d;
		for(my $pos = 0; $pos < length($sequence);$pos += 60){
			print(substr($sequence,$pos,60),"n");
		}
	}
}

以上内容由PHP站长网【52php.cn】收集整理供大家参考研究

如果以上内容对您有帮助，欢迎收藏、点赞、推荐、分享。

（编辑：李大同）

【声明】本站内容均来自网络，其相关言论仅代表作者个人观点，不代表本站立场。若无意侵犯到您的权利，请及时与联系站长删除相关内容!