利用perl从大量数据中筛选我们我们需要的数据,核心思想就是根据
发布时间:2020-12-15 21:04:05 所属栏目:大数据 来源:网络整理
导读:#这里我们看到这样的一组数据 ##reference=file:///home/wl/Data/data/yeast/ref/S288C_R64.fasta##source=SelectVariants#CHROMPOSIDREFALTQUALFILTERINFOFORMATd90_2_1_Cleand90_2_2_Cleand90_2_4_Cleand90_2_6_Cleand90_2_7_Cleand90_3_11_Cleand90_3_12_
#这里我们看到这样的一组数据 ##reference=file:///home/wl/Data/data/yeast/ref/S288C_R64.fasta ##source=SelectVariants #CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT d90_2_1_Clean d90_2_2_Clean d90_2_4_Clean d90_2_6_Clean d90_2_7_Clean d90_3_11_Clean d90_3_12_Clean d90_3_13_Clean d90_3_14_Clean d90_3_2_Clean d90_3_3_Clean d90_3_4_Clean d90_3_6_Clean d90_3_7_Clean d90_3_9_Clean I 65 . C A 214.64 PASS AC=10;AF=0.357;AN=28;BaseQRankSum=3.713;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=7.8615;InbreedingCoeff=-0.4411;MQ=51.26;MQ0=0;MQRankSum=-3.460;QD=3.46;ReadPosRankSum=0.591;SB=-0.02;comp2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:6:48.17:48,64 0/1:4,2:6:12.64:13,106 0/0:5,0:5:15.03:0,15,150 0/1:8,4:12:60.60:61,211 ./. 0/1:5,1:6:15.42:15,119 0/0:3,1:4:6.02:0,6,64 0/1:2,2:4:24.58:25,26 0/0:3,1:4:3.01:0,3,32 0/1:10,4:14:60.46:60,227 0/1:3,1:4:21.41:21,76 0/0:11,2:13:0.45:0,254 0/0:2,3:5:3.01:0,32 0/1:4,2:6:21.40:21,83 1/1:1,2:4:2.99:24,0 I 74 . C G 25.82 SNPFilter AC=3;AF=0.107;AN=28;BaseQRankSum=1.463;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=6.7908;InbreedingCoeff=-0.1875;MQ=50.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.866;QD=1.61;ReadPosRankSum=0.338;SB=9.61;comp2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:18.04:0,18,193 0/0:12,0:12:30.06:0,30,303 0/0:5,0:6:15.03:0,150 0/0:14,0:14:39.08:0,39,398 ./. 0/1:4,2:6:34.35:34,101 0/1:4,1:5:26.48:26,65 0/0:4,0:4:3.01:0,32 0/0:12,1:14:1.52:0,2,302 0/1:3,1:5:23.49:23,48 0/0:15,1:16:39.09:0,409 0/0:5,1:6:6.01:0,63 0/0:6,0:6:12.03:0,12,128 0/0:5,0:5:6:0,56 (编辑:李大同) 【声明】本站内容均来自网络,其相关言论仅代表作者个人观点,不代表本站立场。若无意侵犯到您的权利,请及时与联系站长删除相关内容! |