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perl应用：SNP的提取（3）：18个样品SNP的合并join.pl,+忽略-多

发布时间：2020-12-15 21:02:00 所属栏目：大数据 来源：网络整理
导读：在（2）中我们只是取出了一个sample的snp位点，我们的想法是把所有的SNP位点统计到一个文本里面，这样，我们就可以看出哪些SNP位点的出现的频率更大。也就是哪些是真正的SNP位点，只出现在一个样品中的SNP位点，有可能是因为测序不准，导致的假阳性。 思路如

在（2）中我们只是取出了一个sample的snp位点，我们的想法是把所有的SNP位点统计到一个文本里面，这样，我们就可以看出哪些SNP位点的出现的频率更大。也就是哪些是真正的SNP位点，只出现在一个样品中的SNP位点，有可能是因为测序不准，导致的假阳性。

思路如下：

1.先打开第一个样品的snp位点，然后将snp在ref的位置和碱基作为hash的key，然后把样品的碱基作为value。

2.先打开第二个样品的snp位点，然后与我们得到的hash进行查找，如果有这个位点，那么就加上第二个样品的碱基。如果不存在，就把这个新的位点加入到hash中

3.打开第三个样品的snp位点，然后我们得到。。。。。。。。。。。。。。

4打开第四个样品的。。。。。。。。。。。

5打开第五个。。。。。。

6打开。。

。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。

一直把18个样品都处理完，然后把得到的结果进行输出就ok了。

程序如下：

#!usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
my @information1;
my @information2;
my %position;
my $key1;
my $key2;
my $key3;
my $value;
my @samples;
my $sample;

@samples=qw/sample1 sample2 sample3 sample4 sample5 sample6 sample7 sample8 sample9 sample10 sample11 sample12 sample13 sample14 sample15 sample16 sample17 sample18/;

open (JOIN,">>Chr5_join.txt")||die("can not open!");#这里是要替换的，输出到不同的染色体中

print JOIN "pos TAIR bur can ct edi hi kn ler mt no oy po rsch sf tsu wil ws wu zu n";

open (SNP1,"snpTAIR_vs_bur.txt")||die("can not open!");#这里打开的文件要检查一下，因为后面有变成snp_TAIR_vs_bur.maf.txt

while (<SNP1>)
{
	chomp;
	@information1=split;
	$position{$information1[0]}{$information1[1]}{sample1}=$information1[3];
}
close SNP1;

open (SNP2,"snpTAIR_vs_can.txt")||die("can not open!");
while(<SNP2>)#{{{
{
	chomp;
	@information2=split;
	if ($position{$information2[0]}{$information2[1]})
	{
		$position{$information2[0]}{$information2[1]}{sample2}=$information2[3];
	}
	else
	{
		$position{$information2[0]}{$information2[1]}{sample2}=$information2[3];
	}
	
}#}}}
close SNP2;


open (SNP3,"snpTAIR_vs_ct.txt")||die("can not open!");
while(<SNP3>)#{{{
{
	chomp;
	@information2=split;
	if ($position{$information2[0]}{$information2[1]})
	{
		$position{$information2[0]}{$information2[1]}{sample3}=$information2[3];
	}
	else
	{
		$position{$information2[0]}{$information2[1]}{sample3}=$information2[3];
	}
	
}#}}}
close SNP3;


open (SNP4,"snpTAIR_vs_edi.txt")||die("can not open!");
while(<SNP4>)#{{{
{
	chomp;
	@information2=split;
	if ($position{$information2[0]}{$information2[1]})
	{
		$position{$information2[0]}{$information2[1]}{sample4}=$information2[3];
	}
	else
	{
		$position{$information2[0]}{$information2[1]}{sample4}=$information2[3];
	}
	
}#}}}
close SNP4;


open (SNP5,"snpTAIR_vs_hi.txt")||die("can not open!");
while(<SNP5>)#{{{
{
	chomp;
	@information2=split;
	if ($position{$information2[0]}{$information2[1]})
	{
		$position{$information2[0]}{$information2[1]}{sample5}=$information2[3];
	}
	else
	{
		$position{$information2[0]}{$information2[1]}{sample5}=$information2[3];
	}
	
}#}}}
close SNP5;


open (SNP6,"snpTAIR_vs_kn.txt")||die("can not open!");
while(<SNP6>)#{{{
{
	chomp;
	@information2=split;
	if ($position{$information2[0]}{$information2[1]})
	{
		$position{$information2[0]}{$information2[1]}{sample6}=$information2[3];
	}
	else
	{
		$position{$information2[0]}{$information2[1]}{sample6}=$information2[3];
	}
	
}#}}}
close SNP6;


open (SNP7,"snpTAIR_vs_ler.txt")||die("can not open!");
while(<SNP7>)
{
	chomp;
	@information2=split;
	if ($position{$information2[0]}{$information2[1]})
	{
		$position{$information2[0]}{$information2[1]}{sample7}=$information2[3];
	}
	else
	{
		$position{$information2[0]}{$information2[1]}{sample7}=$information2[3];
	}
	
}
close SNP7;

open (SNP8,"snpTAIR_vs_mt.txt")||die("can not open!");
while(<SNP8>)
{
	chomp;
	@information2=split;
	if ($position{$information2[0]}{$information2[1]})
	{
		$position{$information2[0]}{$information2[1]}{sample8}=$information2[3];
	}
	else
	{
		$position{$information2[0]}{$information2[1]}{sample8}=$information2[3];
	}
	
}
close SNP8;

open (SNP9,"snpTAIR_vs_no.txt")||die("can not open!");
while(<SNP9>)
{
	chomp;
	@information2=split;
	if ($position{$information2[0]}{$information2[1]})
	{
		$position{$information2[0]}{$information2[1]}{sample9}=$information2[3];
	}
	else
	{
		$position{$information2[0]}{$information2[1]}{sample9}=$information2[3];
	}
	
}
close SNP9;

open (SNP10,"snpTAIR_vs_oy.txt")||die("can not open!");
while(<SNP10>)
{
	chomp;
	@information2=split;
	if ($position{$information2[0]}{$information2[1]})
	{
		$position{$information2[0]}{$information2[1]}{sample10}=$information2[3];
	}
	else
	{
		$position{$information2[0]}{$information2[1]}{sample10}=$information2[3];
	}
	
}
close SNP10;

open (SNP11,"snpTAIR_vs_po.txt")||die("can not open!");
while(<SNP11>)
{
	chomp;
	@information2=split;
	if ($position{$information2[0]}{$information2[1]})
	{
		$position{$information2[0]}{$information2[1]}{sample11}=$information2[3];
	}
	else
	{
		$position{$information2[0]}{$information2[1]}{sample11}=$information2[3];
	}
	
}
close SNP11;

open (SNP12,"snpTAIR_vs_rsch.txt")||die("can not open!");
while(<SNP12>)
{
	chomp;
	@information2=split;
	if ($position{$information2[0]}{$information2[1]})
	{
		$position{$information2[0]}{$information2[1]}{sample12}=$information2[3];
	}
	else
	{
		$position{$information2[0]}{$information2[1]}{sample12}=$information2[3];
	}
	
}
close SNP12;

open (SNP13,"snpTAIR_vs_sf.txt")||die("can not open!");
while(<SNP13>)
{
	chomp;
	@information2=split;
	if ($position{$information2[0]}{$information2[1]})
	{
		$position{$information2[0]}{$information2[1]}{sample13}=$information2[3];
	}
	else
	{
		$position{$information2[0]}{$information2[1]}{sample13}=$information2[3];
	}
	
}
close SNP13;

open (SNP14,"snpTAIR_vs_tsu.txt")||die("can not open!");
while(<SNP14>)
{
	chomp;
	@information2=split;
	if ($position{$information2[0]}{$information2[1]})
	{
		$position{$information2[0]}{$information2[1]}{sample14}=$information2[3];
	}
	else
	{
		$position{$information2[0]}{$information2[1]}{sample14}=$information2[3];
	}
	
}
close SNP14;

open (SNP15,"snpTAIR_vs_wil.txt")||die("can not open!");
while(<SNP15>)
{
	chomp;
	@information2=split;
	if ($position{$information2[0]}{$information2[1]})
	{
		$position{$information2[0]}{$information2[1]}{sample15}=$information2[3];
	}
	else
	{
		$position{$information2[0]}{$information2[1]}{sample15}=$information2[3];
	}
	
}
close SNP15;

open (SNP16,"snpTAIR_vs_ws.txt")||die("can not open!");
while(<SNP16>)
{
	chomp;
	@information2=split;
	if ($position{$information2[0]}{$information2[1]})
	{
		$position{$information2[0]}{$information2[1]}{sample16}=$information2[3];
	}
	else
	{
		$position{$information2[0]}{$information2[1]}{sample16}=$information2[3];
	}
	
}
close SNP16;

open (SNP17,"snpTAIR_vs_wu.txt")||die("can not open!");
while(<SNP17>)
{
	chomp;
	@information2=split;
	if ($position{$information2[0]}{$information2[1]})
	{
		$position{$information2[0]}{$information2[1]}{sample17}=$information2[3];
	}
	else
	{
		$position{$information2[0]}{$information2[1]}{sample17}=$information2[3];
	}
	
}
close SNP17;

open (SNP18,"snpTAIR_vs_zu.txt")||die("can not open!");
while(<SNP18>)
{
	chomp;
	@information2=split;
	if ($position{$information2[0]}{$information2[1]})
	{
		$position{$information2[0]}{$information2[1]}{sample18}=$information2[3];
	}
	else
	{
		$position{$information2[0]}{$information2[1]}{sample18}=$information2[3];
	}
	
}
close SNP18;

foreach  $key1(sort keys %position)              #遍历输出
{
	foreach  $key2(sort keys %{$position{$key1}})
	{
		print JOIN "$key1 $key2";
		foreach $sample(@samples)
			{
				if (exists $position{$key1}{$key2}{$sample})
				{
			        $value=$position{$key1}{$key2}{$sample};
			        print JOIN " $value"; 
				}
				else
				{
					print JOIN " -"
				}
			}
	}
	print JOIN "n";
}

得到的结果如下： 

pos TAIR bur can ct edi hi kn ler mt no oy po rsch sf tsu wil ws wu zu 
1000 G - A - - - - - - - - - - - - - - - -
10000003 C - - - - - G - - - - - - - - - - - -
10000013 A - - R - - - - - - - - - - - - - - -
10000021 G - - - - - - - - - - - C - - - - - -
10000034 C - - - - - - - - - - - - - - - - Y -
10000047 G R - - - - - - - - - - - - - - - R -
10000049 A R - - - - - - - - - - - - - - - R -
10000067 C Y - - - - - - - - - - - - - - - Y -
10000087 G - - R - - - - - - - - - - - - - - -
10000098 A - - S - - G - - - - - - - - G - G G
10000118 G R - R - - - - - - - - A - - R - R -
10000121 G - - - - - - - - - - - - - - R - R -
10000139 C Y - - - - - - - - - - T - - Y - Y -
10000157 A R - - - - - - - - - - - - - R - R -
10000170 G - - - - - - - - - - - - - - - - A -
10000176 C - - - - - - - - - - - - - - - - A -
10000177 T Y - - - - - - - - - - - - - - - C -
10000183 C - - - - - - - - - - - - A - - - - -
10000188 A - - - - - - - - - - - - C - - - - -
10000192 T - - - - - - - - - - - - A - - - - -
10000194 C Y - Y - - - - - - - - - T - - - - -
10000195 G - - - - - - - - - - - - C - - - - -
10000196 A - - - - - - - - - - - - G - - - - -
10000197 T - - - - - - - - - - - - A - - - - -
10000201 C - - - - - - - - - - - - T - - - - -
10000205 T - - - - - - - - - - - - C - - - - -
10000207 C - - Y - - - - - - - - - T - - - - -

我们可以对每一行进行读取，然后对-进行计数，如果-多余一定的量，那么就把这一行删除。程序如下：

#!/usr/bin/perl

use strict;
use warnings;

my @datas;
my $data;
my $numb=0;
my $output;


open (SNP,"Chr1_join.txt")||die("can not open !");
open (MORE,">3_more_snp.txt")||die("can not open!");

while(<SNP>)
{
	$output=$_;
	@datas=split;
	foreach $data(@datas) 
	{
		if ($data=~"-")
		{
			$numb++;
		}
		else
		{
			next;
		}
	}
	if ($numb<15)
	{
		$numb=0;
		print MORE "$outputn";
	}
	else
	{
		$numb=0;
	}
}

（编辑：李大同）

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