OpenMP中可重用的私有动态分配数组

发布时间：2020-12-16 09:51:18 所属栏目：百科来源：网络整理

导读：我使用OpenMP和MPI来并行化c中的一些矩阵运算.在矩阵上运行的一些函数是用Fortran编写的. Fortran函数需要传递一个缓冲区数组,该数组仅在函数内部使用.目前我在每个并行部分分配缓冲区,类似于下面的代码. int i = 0;int n = 1024; // Actually this is read

我使用OpenMP和MPI来并行化c中的一些矩阵运算.在矩阵上运行的一些函数是用Fortran编写的. Fortran函数需要传递一个缓冲区数组,该数组仅在函数内部使用.目前我在每个并行部分分配缓冲区,类似于下面的代码.

int i = 0;
int n = 1024; // Actually this is read from command line
double **a = createNbyNMat(n);
#pragma omp parallel
{
    double *buf;
    buf = malloc(sizeof(double)*n);
#pragma omp for
    for (i=0; i < n; i++)
    {
        fortranFunc1_(a[i],&n,buf);
    }
    free(z);
}

// Serial code and moving data around in the matrix a using MPI

#pragma omp parallel
{
    double *buf;
    buf = malloc(sizeof(double)*n);
#pragma omp for
    for (i=0; i < n; i++)
    {
        fortranFunc2_(a[i],buf);
    }
    free(z);
}

// and repeat a few more times.

我知道使用类似于下面的代码的方法可以避免重新分配缓冲区,但我很好奇是否有更简单的方法或OpenMP中的一些内置功能来处理这个问题.无论是否在我们正在编译的系统上存在OpenMP,能够在没有大量编译器指令的情况下编译代码将是很好的.

double **buf;
buf = malloc(sizeof(double*) * num_openmp_threads);
int i = 0;
for (i = 0; i < num_openmp_threads; ++i)
{
    buf[i] = malloc(sizeof(double) * n);
}

// skip ahead

#pragma omp for
for (i=0; i < n; i++)
{
    fortranFunc1_(a[i],buf[current_thread_num]);
}

解决方法

可以使用线程私有变量来完成它.那些在后续的并行区域中持续存在：

void func(...)
{
   static double *buf;
   #pragma omp threadprivate(buf)

   #pragma omp parallel num_threads(nth)
   {
       buf = malloc(n * sizeof(double));
       ...
   }

   #pragma omp parallel num_threads(nth)
   {
       // Access buf here - it is still allocated
   }

   #pragma omp parallel num_threads(nth)
   {
       // Free the memory in the last parallel region
       free(buf);
   }
}

这里有几个要点需要注意.首先,分配buf的线程数应该与解除分配它的线程数相匹配.此外,如果中间存在并行区域并且它们与较大的团队一起执行,则可能不会在所有区域中分配buf.因此,建议您禁用OpenMP的动态团队大小功能,或者只使用上面显示的num_threads子句来修复每个并行区域的线程数.

其次,局部变量只有在静态时才能成为线程私有的.因此,该方法不适用于递归函数.

即使禁用了OpenMP支持,代码也应按预期编译和工作.

（编辑：李大同）

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