正则表达式 – 在R中查找序列中重复的字符

发布时间：2020-12-14 06:24:39 所属栏目：百科来源：网络整理

导读：例如,我有一个字符串 "AAAAAAACGAAAAAACGAAADGCGEDCG" 我想算一下CG重复的次数. 我怎么做？您可以使用gregexpr在vec中查找“CG”的位置.我们必须检查是否没有匹配(-1).函数sum计算匹配数. vec - "AAAAAAACGAAAAAACGAAADGCGEDCG" sum(gregexpr("CG",vec)[[1]

例如,我有一个字符串

"AAAAAAACGAAAAAACGAAADGCGEDCG"

我想算一下CG重复的次数.
我怎么做？

您可以使用gregexpr在vec中查找“CG”的位置.我们必须检查是否没有匹配(-1).函数sum计算匹配数.

> vec <- "AAAAAAACGAAAAAACGAAADGCGEDCG"
> sum(gregexpr("CG",vec)[[1]] != -1)
[1] 4

如果你有一个字符串向量,你可以使用sapply：

> vec <- c("ACACACACA","GGAGGAGGAG","AACAACAACAAC","GGCCCGCCGC","TTTTGTT","AGAGAGA")
> sapply(gregexpr("CG",vec),function(x) sum(x != -1))
[1] 0 0 0 2 0 0

如果你有一个字符串列表,你可以使用unlist(vec),然后使用上面的解决方案.

（编辑：李大同）

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