unix – 在一个文件中打印行匹配另一个文件中的模式

发布时间：2020-12-16 01:40:37 所属栏目：安全来源：网络整理

导读：我有一个超过40.000行(file1)的文件,我想提取与file2中的模式匹配的行(约6000行).我像这样使用grep,但它很慢： grep -f file2 file1出使用awk或sed有更快的方法吗？这是我文件的一些摘录： File1:scitn003869.2| scign003869 CGCATGTGTGCATGTATTATCGTATCCC

我有一个超过40.000行(file1)的文件,我想提取与file2中的模式匹配的行(约6000行).我像这样使用grep,但它很慢：
grep -f file2 file1>出

使用awk或sed有更快的方法吗？

这是我文件的一些摘录：

File1:
scitn003869.2| scign003869 CGCATGTGTGCATGTATTATCGTATCCCTTG
scitn007747.1| scign007747  CACGCAGACGCAGTGGAGCATTCCAGGTCACAA
scitn003155.1| scign003155  TAAAAATCGTTAGCACTCGCTTGGTACACTAAC
scitn018252.1| scign018252  CGTGTGTGTGCATATGTGTGCATGCGTG
scitn004671.2| scign004671  TCCTCAGGTTTTGAAAGGCAGGGTAAGTGCT

File2:
scign000003
scign000004
scign000005
scign004671
scign000013

解决方法

试试grep -Fwf file2 file1>出

-F选项指定纯字符串匹配,因此应该更快,而不必使用正则表达式引擎.

（编辑：李大同）

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