bash – 序列长度的字数错误
发布时间：2020-12-16 01:08:04 所属栏目：安全 来源：网络整理
导读：我有一个看起来像这样的fasta文件： 0011 my.headerCAAGTTTATCCACATAATGCGAATAACCAATAATCCTTTTCATAAGTCTATTCTTCATAATCTAAATCGTTTTCAAGTACATAATTATCCTTTGCCTGTTCGTTAGTTTTATTAAAATTATACTGATCTTTCTTTTTCATCCCACGGGTTAAAATCTTCCTCAATCGGTGGGTTTTCTTCATGAAATTGTT
|
我有一个看起来像这样的fasta文件：
>0011 my.header CAAGTTTATCCACATAATGCGAATAACCAATAATCCTTTTCATAAGTCTATTCTTCATAATCTAAATCGT TTTCAAGTACATAATTATCCTTTGCCTGTTCGTTAGTTTTATTAAAATTATACTGATCTTTCTTTTTCAT CCCACGGGTTAAAATCTTCCTCAATCGGTGGGTTTTCTTCATGAAATTGTTTCATTTATTTGCTGTTTTT AGTTCTCCGATTGTATAACACTTAGTTGTATTAGTGCCGGGTAGTCTATAATTAGCCTCTTTTATATACC CACGCTTTAATAATCTGTTTACAGAATTATATAATTTGCTCTTAGACATAAAAGGAATAATTTCTCTAAG TTTAGAAATCGTAATAAAAACGGTATTAGGTTCTTTCTTTACCCTACATCCCTTAAACTTATCCTTATAT GTATCAGTACAAAGTATAAGAAACATAACTGAATATACTACTGAATCATCTAAACCGATTTCTTTTGCTA AATCTTCATTTATAACCATAATTATAACGCTTTTAATTGAATTGACTCTTTAACATTTGATGTTTTAACG AACTGATCGTATATTTCCGGATATTGTTCTTTCAGTGCTTTAGAATCAAGTGATTCACGGCTATACGCTT TCTTCCTTGTGACTGAAATAAGTTCCCCTTTTATATTATCAGCTTTCGCCTCAGACATCAGACCTAACAA CTGTTCTTTGAACTTGCCTAAATGTTCGTCTATCTTCTTTTGCATTTCAAGAAGTTCGTAAACGCCTTCT TCGATATGTGCAACCTTTGCAGGCAACGACTCCAATTTAGCTACATAACTGTCTTTGCTTGCATTGTCTG CATATCGAACTCCATTCTTACAGCAATTAAGGAATAATTCTATTTCGCTGTCCGGTATGCGTTCAACAGA GAAAATTCCGTCCTTATCCTTGTCACCTCTTAGCCAAATTGCGATAAGTCCCTCTACTTTCAAATTTGGG TTTTGTCTCTCGAAAAGATAGGCGTATATTGATAGCTGCCAAGACAAATAAAGCAAATCAAGTTTGTAGG TAGTTTTAATGTCACCTAAAACGACTGATTTATCAGAGCTGCCCAAATATACTTTATCGGTCGGTGATGC GATAAGCTCGTTATCAGTTAGAATATACTCAGATGCGATATGAATTAAACCGCTTCCGGCTTTTAAATTC AAATAGTTCTCTCCGTAGACCGTTTCCGGTTCAATACCTTCTTTGTCGATCCTCTCAACTTCATCATGAA CCGCTTTCCCTCTCTCAGTTGCCGATCTCAAAATATTATCCGGTATATTGTCAAGTTTGCCTGGAAATAA 我想要序列的长度(没有标题).我试过这个： tail -n +2 my.file | wc -c 这给了我这个输出： 1349 这是错的,实际大小是1330. 我不确定发生了什么事.我想可能有某些隐藏的角色,但我不知道如何探索这个.
这是因为wc也在计算所有的换行符.
您可以使用awk完成此操作： awk 'NR>1{s+=length()} END{print s}' my.file
1330 你也可以使用tail | tr |厕所： tail -n +2 my.file | tr -d 'n' | wc -c 1330 （编辑：李大同） 【声明】本站内容均来自网络，其相关言论仅代表作者个人观点，不代表本站立场。若无意侵犯到您的权利，请及时与联系站长删除相关内容! |