R:使用system()调用的别名命令
在我的?/ .bash_profile文件中,我放了这个别名命令:
which mvsync alias mvsync='rsync --remove-source-files -arvuP' /usr/bin/rsync 它可以从bash shell中正常工作,但是当我从系统内部R调用它时,我得到一个未找到的命令: R system('mvsync --help') sh: mvsync: command not found ## Or system('mvsync --help',intern=TRUE) sh: mvsync: command not found Error in system("mvsync --help",intern = TRUE) : error in running command ## Or system("bash -i -c mvsync") bash: mvsync: command not found [4]+ Stopped R R / system()可以正确识别bash_profile中的其他环境变量. 这是R会话信息: sessionInfo() R version 3.1.3 (2015-03-09) Platform: x86_64-redhat-linux-gnu (64-bit) Running under: CentOS release 6.6 (Final) locale: [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=en_US.UTF-8 LC_COLLATE=en_US.UTF-8 LC_MONETARY=en_US.UTF-8 LC_MESSAGES=en_US.UTF-8 LC_PAPER=en_US.UTF-8 LC_NAME=C LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C [11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C attached base packages: [1] graphics grDevices utils datasets stats methods base other attached packages: [1] ggplot2_1.0.0 data.table_1.9.4 loaded via a namespace (and not attached): [1] chron_2.3-45 colorspace_1.2-4 digest_0.6.8 grid_3.1.3 gtable_0.1.2 MASS_7.3-39 munsell_0.4.2 plyr_1.8.1 proto_0.3-10 Rcpp_0.11.3 reshape2_1.4 scales_0.2.4 stringr_0.6.2 解决方法
您的shell可能不是登录shell:
http://linux.die.net/man/1/bash
–login可能有效,但最好将你的别名放在.bashrc中,即使它不是登录shell也会被执行 (编辑:李大同) 【声明】本站内容均来自网络,其相关言论仅代表作者个人观点,不代表本站立场。若无意侵犯到您的权利,请及时与联系站长删除相关内容! |
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