bash – 如何将环境变量正确传递给Sun Grid Engine？

我正在尝试向SGE提交一系列(一系列)工作(FWIW,它是Gromacs分子动力学模拟的一系列),其中所有工作都是相同的,除了后缀,如input01,input02等.我写了命令以一系列方式运行,后缀由命令序列正确处理.

但是,我找不到让exec环境接收该变量的方法.根据qsub手册页,-v var应该这样做.

$export i=19
$export | grep ' i='
declare -x i="19"
$env | grep '^i='
i=19

然后,我提交以下脚本(run.sh)以查看是否收到：

if [ "x" == "x$i" ]; then
    echo "ERROR: $i not set"
else
    echo "SUCCESS: $i is set"
fi

我按如下方式提交作业(与上面的导出命令在同一会话中)：

$qsub -N "test_env" -cwd -v i run.sh
Your job 4606 ("test_env") has been submitted

错误流为空,输出流具有：

$cat test_env.o4606 
ERROR: $i not set

我也尝试了以下命令,但未成功：

$qsub -N "test_env" -cwd -v i -V run.sh
$qsub -N "test_env" -cwd -V run.sh
$qsub -N "test_env" -cwd -v i=19 -V run.sh
$qsub -N "test_env" -cwd -v i=19 run.sh

如果我在run.sh的开头添加一行i = 19,那么输出为：

$cat test_env.o4613
SUCCESS: $i is set as 19

我现在正在考虑为每个作业生成一个文件,这个文件基本上是相同的,但是第一个会有一个i = xx行.它看起来不太实用,但它将是一个解决方案.

会有更好的解决方案吗？

##send.sh
export a=10
qsub ./run.sh

##run.sh
#$-V
echo $a