用于成对比较的Bash脚本
发布时间:2020-12-15 21:51:42 所属栏目:安全 来源:网络整理
导读:我想写一个bash脚本来与我的文件进行成对计算. 我在目录中有一个固定文件和一系列文件,我想用它们进行成对比较. 例如: 固定文件的名称是:Genome.vcf 成对计算的文件名称都在一个目录中:ind_GER,ind_ENG,ind_MRO 我想出了以下脚本: #!/bin/bashfor pop1 i
我想写一个bash脚本来与我的文件进行成对计算.
我在目录中有一个固定文件和一系列文件,我想用它们进行成对比较. 例如: 固定文件的名称是:Genome.vcf 我想出了以下脚本: #!/bin/bash for pop1 in $(find ind_*) do for pop2 in $(find ind_*) do vcftools --gzvcf PATH/Genome.vcf --weir-fst-pop $pop1 --weir-fst-pop $pop2 --out $pop1_$pop2_fst done done 我得到的错误是: Error: Requested Missing Argument 显然,我遇到了问题,如果你能帮助我,我将非常感激,谢谢. 解决方法
改变这个:
--out $pop1_$pop2_fst 对于: --out ${pop1}_${pop2}_fst _是变量名中的有效字符. (编辑:李大同) 【声明】本站内容均来自网络,其相关言论仅代表作者个人观点,不代表本站立场。若无意侵犯到您的权利,请及时与联系站长删除相关内容! |