bash – QSUB:为Job Array中的每个任务指定输出和错误文件
希望这不是一个dublicate,也不仅仅是我们集群配置的问题……
我使用qsub使用以下命令将作业数组提交到集群: qsub -q QUEUE -N JOBNAME -t 1:10 -e ${ERRFILE}_$SGE_TASK_ID /path/to/script.sh 哪里 ERRFILE=/home/USER/somedir/errors. 我们的想法是指定一个错误文件(也类似于输出文件),该文件还包含作业数组中的任务ID. 到目前为止,我已经了解了这一行 #$-e ${ERRFILE}_$SGE_TASK_ID 在script.sh中,不起作用,因为它是一个注释而不是由bash评估.我的第一行不起作用,因为$SGE_TASK_ID仅在作业提交后设置. qsub -q QUEUE -N JOBNAME -t 1:10 -e ${ERRFILE}_$SGE_TASK_ID /path/to/script.sh 它没有按预期工作. 我错过了一些明显的东西吗是否可以在错误文件的名称中使用$SGE_TASK_ID(错误文件的自动命名会这样做,但我想指定目录,如果可能的话也指定名称)? 一些补充说明: >我在script.sh中使用qsub的-cwd选项,但这不是我希望存储错误文件的地方. 我希望任何暗示正确的方向. 解决方法
我也不知道这一点,但看起来Grid Engine有一个叫做“伪环境变量”的东西,就像$TASK_ID一样.这应该工作:
qsub -q QUEUE -N JOBNAME -t 1:10 -e ${ERRFILE}_$TASK_ID /path/to/script.sh 从man page:
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