bash – 如何在命令行参数给出的一系列数字上使用gnu parallel

发布时间：2020-12-15 21:23:39 所属栏目：安全来源：网络整理

导读：我正在尝试将gnu与一些基本的生物信息学工具并行使用,例如： LASTZ.所以说我有10个seqs,我想在所有这些上使用lastz,我使用： parallel --dryrun lastz 'pathToFile/seq{}.fa query.fasta --format=text LASTZ_results_seq{}' ::: {1..10} 哪个工作正常并返回

我正在尝试将gnu与一些基本的生物信息学工具并行使用,例如： LASTZ.所以说我有10个seqs,我想在所有这些上使用lastz,我使用：

parallel --dryrun lastz 'pathToFile/seq{}.fa query.fasta --format=text > LASTZ_results_seq{}' ::: {1..10}

哪个工作正常并返回：

lastz pathToFile/seq1.fa query.fasta --format=text > LASTZ_results_seq1
lastz pathToFile/seq2.fa query.fasta --format=text > LASTZ_results_seq2
lastz pathToFile/seq3.fa query.fasta --format=text > LASTZ_results_seq3
...
lastz pathToFile/seq10.fa query.fasta --format=text > LASTZ_results_seq10

但理想情况下,我希望这一步是bash脚本的一部分,它需要三个命令行参数,所以seqs的数量(例如1到10)在命令行中给出($2 = startValue,$3 = endValue值).我认为改变它可以工作：

parallel --dryrun lastz 'pathToFile/seq{}.fa query.fasta --format=text > LASTZ_results_seq{}' ::: {"$2".."$3"}

但相反,返回

lastz pathToFile//seq{1..10} query.fasta --format=text > LASTZ_results_seq{1..10}

谁能告诉我这里我做错了什么？看起来它将2美元解释为1,将3美元解释为10,但后来却没有将其视为一系列数字……

解决方法

这不是你要求的,但它可能是一个更好的解决方案：

parallel --dryrun lastz {} query.fasta --format=text '>' LASTZ_results_{/.} ::: pathToFile/seq*.fa

如果你得到Argument列表太长,试试：

printf '%sn' pathToFile/seq*.fa | parallel --dryrun lastz {} query.fasta --format=text '>' LASTZ_results_{/.}

这样你就不需要提前知道有多少seq * .fa.

（编辑：李大同）

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