bash – 如何从字符串列表的文件中grep完全匹配

发布时间：2020-12-15 21:10:10 所属栏目：安全来源：网络整理

导读：我有一个文件A,其中一列包含如下字符串列表： ADAMTS9AIP.... 我想使用文件A中的字符串来grep文件B中包含它们的行,文件B如下所示： chr13 50571142 50592603 ADAMTS9 21461 +chr19 50180408 50191707 AIP 11299 +chr19 50180408 50193000 AIP-S1 6532 - 我用

我有一个文件A,其中一列包含如下字符串列表：

ADAMTS9
AIP
....

我想使用文件A中的字符串来grep文件B中包含它们的行,文件B如下所示：

chr13   50571142        50592603        ADAMTS9  21461   +
chr19   50180408        50191707        AIP   11299   +
chr19   50180408        50193000        AIP-S1   6532    -

我用过：

grep -F -i -w -f A B

它能够上面所有3行.但是,我只希望前两行是grep’ed而第三行与AIP-S1不完全匹配AIP.

有人能告诉我如何修复命令吗？

谢谢.

解决方法

您可以使用awk代替：

awk 'FNR==NR{a[$1];next} ($4 in a)' A B
chr13   50571142        50592603        ADAMTS9  21461   +
chr19   50180408        50191707        AIP   11299   +

或者在任何领域进行搜索：

awk 'FNR==NR{a[$1];next} {for (i=1; i<=NF; i++) if ($i in a) print}' A B

（编辑：李大同）

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