将参数从R返回到bash
发布时间：2020-12-15 21:02:16 所属栏目：安全 来源：网络整理
导读：我有以下bash脚本,其中调用R脚本 #!/bin/bashdeclare -x a=33 declare -x b=1 declare -x c=0Rscript --vanilla MWE.R $a $b $cecho $a $b $c 我想修改R脚本中的bash变量并在bash脚本中返回它们的修改后的值,因为我将修改后的变量传递给其他地方. R脚本是 #!
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我有以下bash脚本,其中调用R脚本
#!/bin/bash declare -x a=33 declare -x b=1 declare -x c=0 Rscript --vanilla MWE.R $a $b $c echo $a $b $c 我想修改R脚本中的bash变量并在bash脚本中返回它们的修改后的值,因为我将修改后的变量传递给其他地方. R脚本是 #!/usr/bin/env Rscript args = commandArgs(trailingOnly=TRUE) Rb = as.numeric(args[2]) Rc = as.numeric(args[3]) Rb = Rb + 1 Rc = Rc + 1 args[2]=Rb args[3]=Rc print(c(args[1],args[2],args[3])) 但是,print和echo的输出分别是： [1] "33" "2" "1" 33 1 0 这表明新值不会从R传递给bash.我究竟做错了什么？ 解决方法
由于Rscript不允许环境变量操作,因此您需要从bash程序中捕获R输出.
许多可能性之一是使用 #!/bin/bash
declare a=33
declare b=1
declare c=0
declare -a RESULT
RESULT=($(Rscript --vanilla MWE.R $a $b $c))
a=${RESULT[1]}
b=${RESULT[2]}
c=${RESULT[3]}
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