在Bash命令行中对文件运行R函数

strandcode.txt如下所示,它是计算Chi Squared测试的简单函数.

strand <- function(file){
data <- as.data.frame(read.table(file))
colnames(data) <- c('chr','pos','fwd','bkwd')
data$chi <- ((.5 - (data$fwd / (data$fwd + data$bkwd)))^2)/.5
keep <- data[data$chi < .823,]
return(keep)
}

strand{$i}

当我在我的Linux服务器上运行它时,我正在使用Rscript并通过以下命令迭代目录中的所有文件.

for i in $( ls ); do Rscript strandcode.txt >> strandout.txt; done

但是这给了我错误
????错误：“strand {”中意外的'{‘
????执行停止

我也尝试了以下命令行(从strandcode.txt中取出最后一行)

for i in $( ls ); do Rscript strandcode.txt; Rscript strand{$i} >>     strandout.txt; done
for i in $( ls ); do Rscript strandcode.txt strand{$i} >> strandout.txt; done

两者都运行没有错误,没有输出任何东西到我的outfile.

任何建议将不胜感激.谢谢！