unix – grep -f最大模式数量？
发布时间：2020-12-15 18:59:33 所属栏目：安全 来源：网络整理
导读：我想在带有-f的文本文件上使用grep来匹配长列表(10,000)的模式.事实证明,grep不喜欢这个(谁知道？).一天之后,它没有产生任何东西.较小的列表几乎可以瞬间完成. 我以为我可能会把我的长列表分开并做几次.知道模式列表的最大长度是多少？ 另外,我对unix很新.欢
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我想在带有-f的文本文件上使用grep来匹配长列表(10,000)的模式.事实证明,grep不喜欢这个(谁知道？).一天之后,它没有产生任何东西.较小的列表几乎可以瞬间完成.
我以为我可能会把我的长列表分开并做几次.知道模式列表的最大长度是多少？ 另外,我对unix很新.欢迎采用其他方法.模式列表或搜索术语位于纯文本文件中,每行一个. 谢谢大家的指导.
我和约有同样的问题.在900万行的文件中搜索400万个模式.好像这是RAM的问题.所以我得到了这个整洁的小工作,可能比分裂和加入慢,但它只需要这一行.
while read line; do grep $line fileToSearchIn;done < patternFile 我需要使用这个工作,因为-F标志不是那些大文件的解决方案…… 编辑：对于大文件来说这似乎很慢.经过一些研究,我发现了’faSomeRecords’以及Kent NGS-editing-Tools的其他很棒的工具 我通过从550万条记录文件中提取200万个fasta-rec来自己尝试.约. 30秒.. 干杯 编辑：direct download link （编辑：李大同） 【声明】本站内容均来自网络，其相关言论仅代表作者个人观点，不代表本站立场。若无意侵犯到您的权利，请及时与联系站长删除相关内容! |