在bash脚本中使用循环变量来传递不同的命令行参数

发布时间：2020-12-15 18:26:39 所属栏目：安全来源：网络整理

导读：我有一个c程序,我从命令行使用两个双打作为输入 int main(int argc,char *argv[]){ double a,b; a = atof(argv[1]); b = atof(argv[2]); further code..... 我使用qsub实用程序在集群上运行代码,我有一个名为’jobsub.sh`的bash脚本来提交看起来像这样的作业

我有一个c程序,我从命令行使用两个双打作为输入

int main(int argc,char *argv[]){
    double a,b;
    a = atof(argv[1]);
    b = atof(argv[2]);
    further code.....

我使用qsub实用程序在集群上运行代码,我有一个名为’jobsub.sh`的bash脚本来提交看起来像这样的作业

#!/bin/csh -f    
hostname                           
cd /home/roy/codes/3D             # change directory first -- replace Mysubdir
set startdir = `pwd`               # remember the directory we're in
if( ! -d /scratch/$USER ) then
    mkdir /scratch/$USER       # create scratch directory
endif                              # if it does not exist
#cp infile12 /scratch/$USER     # copy input file to scratch directory
cd /scratch/$USER                  # change to scratch directory
#rm *.*
$HOME/codes/3D/autoA100.out 2.1 2.2          # run a program
cp * $startdir         # copy outputfiles back to where we started

在终端我做qsub jobsub.sh

但是,我想在不同的内核上并行运行相同的可执行文件,用于不同的a和b值.是否可以在bash脚本中编写for循环以便我可以执行
就像是,

for i=1;i<=10;i++ {
   $HOME/codes/3D/autoA100.out 2+i*0.1 2+i*0.2
}

如果要将执行脚本提交给批处理加载器,则无法通过简单的循环执行所需的执行,因为整个脚本在每个节点上运行.但是,大多数批处理程序为用户提供环境变量.

例如,PBS有$PBS_ARRAYID,它指定作业运行时的唯一ID.因此,您的脚本可以具有以下内容,而不是使用循环：

a=$(echo "2+($PBS_ARRAYID+1)*0.1" | bc -l)
b=$(echo "2+($PBS_ARRAYID+1)*0.2" | bc -l)
$HOME/codes/3D/autoA100.out $a $b

注意我已经在上面添加了1到$PBS_ARRAYID,因为ID从0开始,而你的循环从1开始.还值得一提的是,虽然bash本身可以做一些算术,但它无法处理实数;这就是我必须调用bc的原因.

（编辑：李大同）

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