bash – 如何在cut命令中循环变量范围
我有一个包含2列的文件,我想使用第二列中的值来设置cut命令中的范围,以从另一个文件中选择一系列字符.我想要的范围是第二列中值的位置加上接下来的10个字符的字符.我将在一段时间内给出一个例子.
我的文件是这样的: 文件有2列,行之间没有空行(file1.txt): NAME1 10 NAME2 25 NAME3 48 NAME4 66 我想要提取可变字符范围的文件(只有一个很长的行,没有空格,没有粗体字)(file2.txt):
…或者,更确切地说(用于复制/粘贴测试): GATCGAGCGGGATTCTTTTTTTTTAGGCGAGTCAGCTAGCATCAGCTACGAGAGGCGAGGGCGGGCTATCACGACTACGACTACGACTACAGCATCAGCATCAGCGCACTAGAGCGAGGCTAGCTAGCTACGACTACGATCAGCATCGCACATCGACTACGATCAGCATCAGCTACGCATCGAAGAGAGAGC 期望的结果文件,每行一个序列(result.txt): GATTCTTTTT GGCGAGTCAG CGAGAGGCGA TATCACGACT 生成的文件将包含10-20,25-35,48-58和66-76中的字符,每个范围都在一个新行中.因此,它始终保持10的范围,但在不同的起点和那些起点由第一个文件的第二列中的值设置. 我试过这个命令: for i in $(awk '{print $2}' file1.txt); do p1=$i; p2=`expr "$1" + 10` cut -c$p1-$2 file2.txt > result.txt; done 我没有收到任何输出或错误消息. 我也尝试过: while read line; do set $line p2=`expr "$2" + 10` cut -c$2-$p2 file2.txt > result.txt; done <file1.txt 最后一个命令给出了一条错误消息: cut: invalid range with no endpoint: - Try 'cut --help' for more information. expr: non-integer argument
这里没有必要削减; dd可以完成索引到文件的工作,并只读取你想要的字节数. (请注意,status = none是一个GNUism;您可能需要将其保留在其他平台上并重定向stderr,否则如果您想要抑制信息日志记录).
while read -r name index _; do dd if=file2.txt bs=1 skip="$index" count=10 status=none printf 'n' done <file1.txt >result.txt 这种方法避免了过多的内存需求(在读取整个文件2时存在 – 假设它很大),并且具有有限的性能要求(开销等于每个序列启动一个dd副本以提取). (编辑:李大同) 【声明】本站内容均来自网络,其相关言论仅代表作者个人观点,不代表本站立场。若无意侵犯到您的权利,请及时与联系站长删除相关内容! |