R EnvironmentError：在路径上找不到Ghostscript. RWebLogo

发布时间：2020-12-15 16:59:38 所属栏目：安全来源：网络整理

导读：我碰到了一个奇怪的问题,我无法以任何方式解决这个问题,我希望有人能够更好地理解这些错误; 我无法使用RWebLogo包 – 甚至运行最简单的示例,因为同样缺少Ghostscript错误. 例如运行： library(RWebLogo)aln - c('CCAACCCAA','CCAACCCTA','AAAGCCTGA','TGAACC

我碰到了一个奇怪的问题,我无法以任何方式解决这个问题,我希望有人能够更好地理解这些错误;

我无法使用RWebLogo包 – 甚至运行最简单的示例,因为同样缺少Ghostscript错误.

例如运行：

library(RWebLogo)
aln <- c('CCAACCCAA','CCAACCCTA','AAAGCCTGA','TGAACCGGA')
weblogo(seqs=aln,file.out='mylogo.pdf')

抛出此错误：

Traceback (most recent call last):
  File "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/RWebLogo/extdata/weblogo-3.3/weblogo",line 71,in <module>
    weblogolib._cli.main()
  File "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/RWebLogo/extdata/weblogo-3.3/weblogolib/_cli.py",line 82,in main
    formatter(data,format,opts.fout)
  File "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/RWebLogo/extdata/weblogo-3.3/weblogolib/__init__.py",line 757,in pdf_formatter
    gs = GhostscriptAPI()    
  File "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/RWebLogo/extdata/weblogo-3.3/weblogolib/__init__.py",line 196,in __init__
    raise EnvironmentError("Could not find Ghostscript on path."
EnvironmentError: Could not find Ghostscript on path. There should be either a gs executable or a gswin32c.exe on your system's path

我在终端中安装了ghostscript ver 9.15 with configure / make / install,然后将PATH添加到bash配置文件并执行它.当我在终端中运行gs时,它可以工作,确认它已设置为系统路径,但仍然会出现相同的错误.即使重启后也是如此.

我尝试将gs直接添加到R中的环境中：

Sys.setenv(R_GSCMD = "/Applications/ghostscript-9.15/bin/gs")

这也没有帮助…给出完全相同的错误.当我搜索R环境时,它显示gs在那里.

重要版本信息：

MAC: OS Yosemite 10.10.1;
R version 3.1.1 (2014-07-10);
Platform: x86_64-apple-darwin10.8.0 (64-bit); 
RWebLogo_1.0.3

您是否知道可能导致此问题的任何问题？我是编程的新手,所以我担心我可能会遗漏一些基本的东西.我会很感激任何建议.谢谢！

我与RWebLogo的作者Omar取得了联系,他在确定我的问题并解决问题方面非常有帮助.

首先,他建议在终端上的测试序列上运行RWebLogo：
/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/RWebLogo/extdata/weblogo-3.3/weblogo -f test_seqs.txt -o~ / Desktop / out.pdf -F pdf

将上面脚本中的基本目录(extdata / weblogo之前的所有内容…)更改为R中给出的以下命令：

system.file(package = 'RWebLogo')

我跑了它并得到一个新的错误：缺乏numpy.我实际安装了numpy但没有完全的用户权限.重新安装numpy后,RWebLogo从终端成功运行.

不过,RStudio正在抛出一个GhostScript错误. Omar建议在Yosemite上运行较旧版本的RStudio存在问题(我目前有10.10.1),并向我发送了一个更新的RStudio版本的链接,其中修复了问题.

http://www.r-bloggers.com/r-and-rstudio-incompatibility-with-yosemite-mac-os-x-10-10/

我得到了更新的RStudio,现在一切都很好.希望这可以帮助有类似问题的人！

（编辑：李大同）

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