linux – 在shell脚本中,如何结合使用`Rscript`和`Unix`命令？
发布时间：2020-12-14 01:19:36 所属栏目：Linux 来源：网络整理
导读：我目前正在尝试将R文件作为Rscript文件运行.我在script.sh文件中有以下代码： #!/bin/bashcd documentsmodule load r#!/usr/bin/env Rscriptmem2 - 4+5packageVersion("data.table")save.image("OUT.RData") 但是,看起来在使用qsub script.sh运行之后,它会返
|
我目前正在尝试将R文件作为Rscript文件运行.我在script.sh文件中有以下代码：
#!/bin/bash
cd documents
module load r
#!/usr/bin/env Rscript
mem2 <- 4+5
packageVersion("data.table")
save.image("OUT.RData")
但是,看起来在使用qsub script.sh运行之后,它会返回错误,说明如何识别多个命令.我做错了吗？谢谢！ 解决方法
我认为你在shell中寻找一个“Here document”.这允许将文本传递给另一个解释器.例如：
#!/bin/bash
cd documents
module load r
/usr/bin/env Rscript -<<EOF
mem2 <- 4+5
packageVersion("data.table")
save.image("OUT.RData")
EOF
这里,调用Rscript(来自/usr/bin/env),在标准输入上,所有后续行都被传递,直到看到标记(此处为EOF). （编辑：李大同） 【声明】本站内容均来自网络，其相关言论仅代表作者个人观点，不代表本站立场。若无意侵犯到您的权利，请及时与联系站长删除相关内容! |