linux – 降级R版和R包Bioconductor

通常,Bioconductor设计用于特定版本的R,因此不能保证使用旧版本的Bioconductor(或任何R软件包)与较新版本的R.更好地询问有关Bioconductor mailing list上的Bioconductor封装的问题.可能您所说的是您当前的Bioconductor安装存在一些问题,而您真正做得更好的就是解决问题.

查看installed.packages()的LibPath,并与.libPaths()的输出进行比较.我有

> head(installed.packages()[,"LibPath"],1)
                                                   affy 
"/home/mtmorgan/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/3.0"
> .libPaths()
[1] "/home/mtmorgan/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/3.0"
[2] "/home/mtmorgan/bin/R-3-0-branch/library"

好消息！我的所有Bioc包都在特定的库中.然后,我可以安排(参见？.libPaths)以指向Bioc 2.12包的新位置的.libPaths启动R,例如,

R_LIBS_USER="/home/mtmorgan/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/3.0-2.12" R

然后显式安装我想要使用的BiocInstaller包的版本,

install.packages("BiocInstaller",repos="http://bioconductor.org/packages/2.12/bioc")

和图书馆(BiocInstaller);像往常一样biocLite().

如果我的Bioconductor包安装在R主目录中,那么我将remove.packages()而不是设置.libPaths(),或者我运行BiocInstaller :: biocValid()并按照指示恢复“太新”包.