寻找更好的解决方案awk或perl：避免管道xargs等

发布时间：2020-12-13 23:02:15 所属栏目：Linux 来源：网络整理

导读：我不得不解析其中列出七列文件格式的方阵矩阵的特征向量的文件到一个方阵中,其中每个特征向量是矩阵的一列 Eigenvector file: COVAR 72 72 42.27674 53.43516 43.10335 43.43889 53.15094 43.77146 43.17536 52.49170 45.07565 42.10424 52.75460 45.74721 4

我不得不解析其中列出七列文件格式的方阵矩阵的特征向量的文件到一个方阵中,其中每个特征向量是矩阵的一列

Eigenvector file: COVAR
   72   72
   42.27674   53.43516   43.10335   43.43889   53.15094   43.77146   43.17536
   52.49170   45.07565   42.10424   52.75460   45.74721   41.66882   52.21836
   47.00361   40.21403   51.86627   47.05245   39.75512   50.92583   47.83411
   38.36019   50.61541   48.00747   37.56547   51.66199   48.72199   36.29018
   51.70312   48.54869   35.35773   52.59045   49.19493   34.14085   51.90543
   49.78376   33.43961   52.55997   50.66576   32.13812   52.14743   51.17284
   31.02647   52.41422   50.19470   30.02426   51.60068   50.14591   28.86206
   51.70417   49.28895   27.52769   51.49614   49.94867   27.52460   50.99136
   51.12215   26.37751   50.74786   51.93507   25.23025   50.04549   51.26765
   25.46212   49.27591   50.30035   24.47349   48.61017   49.51955   23.64720
   49.41136   48.60875
 ****
    1     3.28044
    0.06504   -0.20409   -0.08035    0.04603   -0.02034   -0.02343    0.03885
    0.14025    0.01970   -0.00569    0.11391   -0.05271   -0.00874    0.25005
   -0.02425    0.03969    0.13327    0.01054    0.09958    0.20857    0.08647
    0.13883    0.12003    0.12859    0.05634    0.06415    0.02570    0.07466
   -0.06541    0.04636    0.01246   -0.13691   -0.04270    0.03791   -0.15341
   -0.02595   -0.01027   -0.15604   -0.08393   -0.00526   -0.16938   -0.09027
    0.01573   -0.25999   -0.09350    0.01121   -0.24367   -0.01033    0.03059
   -0.31268   -0.00040    0.02074   -0.17927   -0.01689   -0.02183   -0.03912
   -0.01481   -0.03982    0.10507   -0.03446   -0.06896    0.20946   -0.00450
   -0.17669    0.17617    0.08755   -0.21143    0.25313    0.12818   -0.13896
    0.16625    0.06539
 ****
    2     1.17147
    0.05028    0.24209    0.07571    0.07015    0.26226    0.10552    0.09788
    0.15535    0.10020    0.06248    0.07167    0.09337    0.06555   -0.05258
    0.07777    0.05163   -0.08617   -0.01580    0.05087   -0.17374   -0.06483
    0.03157   -0.18854   -0.12423    0.02388   -0.15753   -0.07304    0.00221
   -0.12406   -0.11678   -0.00030   -0.07568   -0.07783   -0.00225   -0.10201
   -0.09521    0.00373   -0.10066   -0.06755   -0.00386   -0.10808   -0.08343
   -0.01420   -0.03899   -0.11123   -0.06186   -0.02282   -0.11633   -0.07596
    0.03656   -0.14599   -0.07542    0.13621   -0.11299   -0.07350    0.22728
   -0.02254   -0.07473    0.32577    0.01167   -0.09106    0.17148    0.10912
   -0.01607    0.00303    0.19984   -0.01223   -0.16824    0.28827   -0.00879
   -0.23259    0.16630
 ****
   3 et cetera ....

我设法尽可能地解决了我的问题,有很多管道……这是我的脚本的摘录,它也提取了特征值(****下自然数旁边的数字)

local dimensions=$(awk 'NR==2 {print$1}'  ${ptraj_eigvect[$k]}) #in the second line of the file it is written the dimension of the rotation matrix
#Ptraj produces a file in seven columns format
#                        ||
#                        /
if [[ $((${dimensions} % 7 )) == 0  ]]
then
       local -i n_rows_eigvect_ptraj=$(( ${dimensions} / 7 ))
else
       local -i n_rows_eigvect_ptraj=$(( (${dimensions} / 7) + 1 ))
fi
#        headers          matrix         ****
#          ||   |||||||||||||||||||||||  ||
#          /   ////////////  /
awk 'NR>'$(( 2 + ${n_rows_eigvect_ptraj} + 1 ))' && NR%'$(( 2 + ${n_rows_eigvect_ptraj} ))'==2' ${ptraj_eigvect[$k]}  >${eigval_file}

awk 'NR>'$(( 2 + ${n_rows_eigvect_ptraj} + 2 ))' && NR%'$(( 2 + ${n_rows_eigvect_ptraj} ))'!=2 && NR%'$(( 2 + ${n_rows_eigvect_ptraj} ))'!=1' ${ptraj_eigvect[$k]} | xargs printf "%sn" | awk '($0=$NF x)&&ORS=NR%'${dimensions}'?FS:RS' | awk -f ${script_PA}/transpose.awk >${rotmatr_file}

 if [[ $(wc -l <${rotmatr_file}) != ${dimensions}  ]] || [[ $(wc -w <${rotmatr_file}) != $(( ${dimensions} * ${dimensions} ))  ]]
 then
       echo 'ERROR!!!' 
       exit 1
  fi

transpose.awk文件是here

我根据要求编辑

我的脚本生成为72 x 72方阵这里我只写了前2列您可以看到数字对应于1 3.28044和2之后的数字1.17147

0.06504 0.05028
-0.20409 0.24209
-0.08035 0.07571
0.04603 0.07015
-0.02034 0.26226
-0.02343 0.10552
0.03885 0.09788
0.14025 0.15535
0.01970 0.10020
-0.00569 0.06248
0.11391 0.07167
-0.05271 0.09337
-0.00874 0.06555
0.25005 -0.05258
-0.02425 0.07777
0.03969 0.05163
0.13327 -0.08617
0.01054 -0.01580
0.09958 0.05087
0.20857 -0.17374
0.08647 -0.06483
0.13883 0.03157
0.12003 -0.18854
0.12859 -0.12423
0.05634 0.02388
0.06415 -0.15753
0.02570 -0.07304
0.07466 0.00221
-0.06541 -0.12406
0.04636 -0.11678
0.01246 -0.00030
-0.13691 -0.07568
-0.04270 -0.07783
0.03791 -0.00225
-0.15341 -0.10201
-0.02595 -0.09521
-0.01027 0.00373
-0.15604 -0.10066
-0.08393 -0.06755
-0.00526 -0.00386
-0.16938 -0.10808
-0.09027 -0.08343
0.01573 -0.01420
-0.25999 -0.03899
-0.09350 -0.11123
0.01121 -0.06186
-0.24367 -0.02282
-0.01033 -0.11633
0.03059 -0.07596
-0.31268 0.03656
-0.00040 -0.14599
0.02074 -0.07542
-0.17927 0.13621
-0.01689 -0.11299
-0.02183 -0.07350
-0.03912 0.22728
-0.01481 -0.02254
-0.03982 -0.07473
0.10507 0.32577
-0.03446 0.01167
-0.06896 -0.09106
0.20946 0.17148
-0.00450 0.10912
-0.17669 -0.01607
0.17617 0.00303
0.08755 0.19984
-0.21143 -0.01223
0.25313 -0.16824
0.12818 0.28827
-0.13896 -0.00879
0.16625 -0.23259
0.06539 0.16630

因为我正在尝试学习awk,也许将来perl我很恳请你教我如何写一个执行相同任务的awk或perl脚本

非常感谢您的关注

解决方法

对此工作了一段时间,没有提出任何非常漂亮的东西,但下面的代码似乎工作,尽管它相当笨重.它假设您的数据完全统一,并不关心标题.

积极的一面是,如果你改变< DATA>到<>,它将适用于您的数据文件：

> script.pl input > output

假设您的数据文件与您的示例具有相同的格式,并且您的向量按数字顺序显示.

码：

use strict;
use warnings;
use v5.10;

my @data;
my $tmp;

while (<DATA>) {
    if (/^*+/) {                  # or some other way of separating vectors
        push @data,$tmp if $tmp;  # push buffer to array
        <DATA>;                    # discard header
        $tmp = "";                 # reset buffer
    } else {
        $tmp .= $_;                # buffer a new line
    }
}
push @data,$tmp;                      # push remaining buffer onto array
@data = map { [ split ] } @data;       # split string into array
for my $num (0 .. $#{$data[0]}) {
    say join " ",map $data[$_][$num],keys @data;
}


__DATA__
****
1     3.28044
0.06504   -0.20409   -0.08035    0.04603   -0.02034   -0.02343    0.03885
0.14025    0.01970   -0.00569    0.11391   -0.05271   -0.00874    0.25005
-0.02425    0.03969    0.13327    0.01054    0.09958    0.20857    0.08647
0.13883    0.12003    0.12859    0.05634    0.06415    0.02570    0.07466
-0.06541    0.04636    0.01246   -0.13691   -0.04270    0.03791   -0.15341
-0.02595   -0.01027   -0.15604   -0.08393   -0.00526   -0.16938   -0.09027
0.01573   -0.25999   -0.09350    0.01121   -0.24367   -0.01033    0.03059
-0.31268   -0.00040    0.02074   -0.17927   -0.01689   -0.02183   -0.03912
-0.01481   -0.03982    0.10507   -0.03446   -0.06896    0.20946   -0.00450
-0.17669    0.17617    0.08755   -0.21143    0.25313    0.12818   -0.13896
0.16625    0.06539
****
2     1.17147
0.05028    0.24209    0.07571    0.07015    0.26226    0.10552    0.09788
0.15535    0.10020    0.06248    0.07167    0.09337    0.06555   -0.05258
0.07777    0.05163   -0.08617   -0.01580    0.05087   -0.17374   -0.06483
0.03157   -0.18854   -0.12423    0.02388   -0.15753   -0.07304    0.00221
-0.12406   -0.11678   -0.00030   -0.07568   -0.07783   -0.00225   -0.10201
-0.09521    0.00373   -0.10066   -0.06755   -0.00386   -0.10808   -0.08343
-0.01420   -0.03899   -0.11123   -0.06186   -0.02282   -0.11633   -0.07596
0.03656   -0.14599   -0.07542    0.13621   -0.11299   -0.07350    0.22728
-0.02254   -0.07473    0.32577    0.01167   -0.09106    0.17148    0.10912
-0.01607    0.00303    0.19984   -0.01223   -0.16824    0.28827   -0.00879
-0.23259    0.16630

（编辑：李大同）

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