linux – 使用R Markdown将bash脚本作为Cron作业运行
发布时间:2020-12-13 22:57:41 所属栏目:Linux 来源:网络整理
导读:我想尝试如何从R markdown文件渲染html,但是从作为Cron作业运行的bash脚本中渲染.我不知道为什么一切正常,除了作为Cron工作运行.我所做的: 我的脚本是Rstudio的演示脚本 ---title: "test"author: "sms"date: "24 maja 2015"output: html_document---This is
我想尝试如何从R markdown文件渲染html,但是从作为Cron作业运行的bash脚本中渲染.我不知道为什么一切正常,除了作为Cron工作运行.我所做的:
我的脚本是Rstudio的演示脚本 --- title: "test" author: "sms" date: "24 maja 2015" output: html_document --- This is an R Markdown document. Markdown is a simple formatting syntax for authoring HTML,PDF,and MS Word documents. For more details on using R Markdown see <http://rmarkdown.rstudio.com>. When you click the **Knit** button a document will be generated that includes both content as well as the output of any embedded R code chunks within the document. You can embed an R code chunk like this: ```{r} summary(cars) ``` etc. 这个脚本在Rstudio中没有任何问题. 接下来我尝试从终端运行Rmd脚本: Rscript -e "require( 'rmarkdown' ); render('/home/sms/Dokumenty/R/test.Rmd','html_document')" 没有任何问题.有用. 所以我创建了bash脚本 #!/bin/bash Rscript -e“require(‘rmarkdown’); render(‘/ home / sms / Dokumenty / R / test.Rmd’,’html_document’)” 并更改了chmod 755 test.sh 也像魅力一样. 但是当放入Cron文件(管理员和用户)时: 28 18 * * * sh /home/sms/Dokumenty/R/test.sh 它不起作用 知道我做错了什么吗? 解决方法
我有同样的问题. ?问题是因为我以root身份运行Rscript,但Rscript应该作为souza运行,当前用户. ?为了解决这个问题,我为用户搜索“sudo crontab -u souza -e”编辑了crontab,并且Rscript作为souza而不是root运行. ?现在它正在运作
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