从Linux中的文本文件中提取列(空格或制表符分隔)

发布时间：2020-12-13 18:43:31 所属栏目：Linux 来源：网络整理

导读：我有非常大的基因型文件,基本上不可能在R中打开,所以我试图使用 linux命令行提取感兴趣的行和列.使用头部/尾部的行很简单,但是我很难弄清楚如何处理列. 如果我尝试提取(说)第100-105页或空格分隔列使用 cut -c100-105 myfile outfile 如果每列中有多个字符的

我有非常大的基因型文件,基本上不可能在R中打开,所以我试图使用 linux命令行提取感兴趣的行和列.使用头部/尾部的行很简单,但是我很难弄清楚如何处理列.

如果我尝试提取(说)第100-105页或空格分隔列使用

cut -c100-105 myfile >outfile

如果每列中有多个字符的字符串,这显然将无法正常工作.有没有办法用适当的参数修改剪切,以便它提取列中的整个字符串,其中列被定义为空格或制表符(或任何其他字符)分隔？

解决方法

你需要-f：

cut -f100-105 myfile > outfile

如果字段分隔符与TAB不同,则需要使用-d指定它：

cut -d' ' -f100-105 myfile > outfile

检查the man page有关cut命令的更多信息.

（编辑：李大同）

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