python-3.x – Biopython在基因的任一侧记录额外的2个核苷酸,用

发布时间：2020-12-20 13:16:07 所属栏目：Python 来源：网络整理

导读：我正在寻找埋伏终止密码子.我已经将我的代码提到了我从embl文件中提取所需序列的程度.然而,我对如何添加两个上游和两个下游核苷酸有点困惑,所以我最终得到-2,-1,1,2个阅读框. for rec in SeqIO.parse("CP002701.embl","embl"): if rec.features: for feature

我正在寻找埋伏终止密码子.我已经将我的代码提到了我从embl文件中提取所需序列的程度.然而,我对如何添加两个上游和两个下游核苷酸有点困惑,所以我最终得到-2,-1,1,2个阅读框.

for rec in SeqIO.parse("CP002701.embl","embl"):
    if rec.features:
        for feature in rec.features:
            if feature.type == "CDS":
                print(feature.location)
                print(feature.qualifiers["protein_id"])
                print(feature.location.extract(rec).seq)

是我想改变的部分,但不知道如何更改.location以选择我感兴趣的额外4个基数.

解决方法

@ user7550844(OP)于2017年2月12日15:46写道：

在mofoniusrex on reddit的一些帮助下,这是一个有效的解决方案：

for rec in SeqIO.parse("CP002701.embl","embl"):
if rec.features:
    for feature in rec.features:
        if feature.type == "CDS":
            pad=2
            newloc = SeqFeature.FeatureLocation( feature.location.start - pad,feature.location.end + pad)
            newfeature=SeqFeature.SeqFeature(location=newloc,type=feature.type,strand=feature.strand,ref=feature.ref,ref_db=feature.ref_db)
            newfeature.qualifiers = feature.qualifiers
            print(newfeature.qualifiers)
            print(newfeature.location)
            print(newfeature.location.extract(rec).seq)

（编辑：李大同）

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