如何通过Python(pandas)中的列中的事件对Dataframe进行排序

发布时间：2020-12-20 13:11:17 所属栏目：Python 来源：网络整理

导读：我正在尝试使用 python中的pandas从我的数据(化学物质和蛋白质之间的分数)创建数据帧. 我希望我的数据帧首先显示出现次数最多的蛋白质,所以我之前对数据进行了排序.但是当我创建数据帧时,它没有得到预期的结果. 这是我的数据样本： chemicals prots scoresCI

我正在尝试使用 python中的pandas从我的数据(化学物质和蛋白质之间的分数)创建数据帧.

我希望我的数据帧首先显示出现次数最多的蛋白质,所以我之前对数据进行了排序.但是当我创建数据帧时,它没有得到预期的结果.

这是我的数据样本：

chemicals   prots   scores
CID000000006    10116.ENSRNOP00000003921    196
CID000000051    10116.ENSRNOP00000003921    246
CID000000085    10116.ENSRNOP00000003921    196
CID000000119    10116.ENSRNOP00000003921    247
CID000000134    10116.ENSRNOP00000008952    159
CID000000135    10116.ENSRNOP00000008952    157
CID000000174    10116.ENSRNOP00000008952    439
CID000000175    10116.ENSRNOP00000001021    858
CID000000177    10116.ENSRNOP00000004027    760

如您所见,“10116.ENSRNOP00000003921”是我数据中出现次数最多的蛋白质.

所以我想得到类似的东西：

10116.ENSRNOP00000003921     10116.ENSRNOP00000008952  
CID000000006   196                 
CID000000051   246 
CID000000085   196 
CID000000119   247 
CID000000134                                  159   
CID000000135                                  157   
CID000000174                                  439

这是我的代码：

import pandas as pd

df_rat= pd.read_csv("dt_matrix_rat.csv",sep="t",header=True)
df_rat.columns = ['chemicals','proteins','scores']
df_rat1 = df_rat.pivot(index='chemicals',columns='proteins',values='scores')

df_rat1.to_csv("rat_matrix.csv",sep='t',index=True  )

解决方法

我认为你需要0700 0700的 sort_values并获得cols的索引. Lasy使用子集：

df1 = df.pivot(index='chemicals',values='scores')

cols = df1.notnull().sum(axis=0).sort_values(ascending=False).index
print cols
Index([u'10116.ENSRNOP00000003921',u'10116.ENSRNOP00000008952',u'10116.ENSRNOP00000004027',u'10116.ENSRNOP00000001021'],dtype='object',name=u'proteins')

print df1[cols]
proteins      10116.ENSRNOP00000003921  10116.ENSRNOP00000008952  
chemicals                                                          
CID000000006                     196.0                       NaN   
CID000000051                     246.0                       NaN   
CID000000085                     196.0                       NaN   
CID000000119                     247.0                       NaN   
CID000000134                       NaN                     159.0   
CID000000135                       NaN                     157.0   
CID000000174                       NaN                     439.0   
CID000000175                       NaN                       NaN   
CID000000177                       NaN                       NaN   

proteins      10116.ENSRNOP00000004027  10116.ENSRNOP00000001021  
chemicals                                                         
CID000000006                       NaN                       NaN  
CID000000051                       NaN                       NaN  
CID000000085                       NaN                       NaN  
CID000000119                       NaN                       NaN  
CID000000134                       NaN                       NaN  
CID000000135                       NaN                       NaN  
CID000000174                       NaN                       NaN  
CID000000175                       NaN                     858.0  
CID000000177                     760.0                       NaN

或reindex_axis：

print df1.reindex_axis(cols,axis=1)
proteins      10116.ENSRNOP00000003921  10116.ENSRNOP00000008952  
chemicals                                                          
CID000000006                     196.0                       NaN   
CID000000051                     246.0                       NaN   
CID000000085                     196.0                       NaN   
CID000000119                     247.0                       NaN   
CID000000134                       NaN                     159.0   
CID000000135                       NaN                     157.0   
CID000000174                       NaN                     439.0   
CID000000175                       NaN                       NaN   
CID000000177                       NaN                       NaN   

proteins      10116.ENSRNOP00000004027  10116.ENSRNOP00000001021  
chemicals                                                         
CID000000006                       NaN                       NaN  
CID000000051                       NaN                       NaN  
CID000000085                       NaN                       NaN  
CID000000119                       NaN                       NaN  
CID000000134                       NaN                       NaN  
CID000000135                       NaN                       NaN  
CID000000174                       NaN                       NaN  
CID000000175                       NaN                     858.0  
CID000000177                     760.0                       NaN

（编辑：李大同）

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