python – 批处理：GNU-make,Snakemake还是什么？

发布时间：2020-12-20 11:57:16 所属栏目：Python 来源：网络整理

导读：我需要通过将它们传递给matlab或 python脚本来处理目录中的一组文件. 对于目录中的每个输入文件FileName.IN,我需要获取输出文件FileName.OUT. 如果解决方案是Python或bash脚本并不重要. 为了实现我的目标,我尝试了GNU Make(或Python Snakemake),但是我有点卡

我需要通过将它们传递给matlab或 python脚本来处理目录中的一组文件.

对于目录中的每个输入文件FileName.IN,我需要获取输出文件FileName.OUT.

如果解决方案是Python或bash脚本并不重要.

为了实现我的目标,我尝试了GNU Make(或Python Snakemake),但是我有点卡在它上面.
看起来我可以说GNU Make要做：
“嘿,对于每个输出(目标)文件FileName.out搜索相应的FileName.IN(先决条件)”.

然而,如前所述,我想要做的恰恰相反.

> make(或snakemake)是正确的选择吗？
>你还有什么建议？

我的makefile代码看起来像这样,但它不能完成这项工作(我是GNU make的新手)：

in_files = *.IN
out_files = *.out
$(out_files) : $(in_files)
    matlab -nosplash -nodesktop -r "a_matlab_function('$<','$@')"

解决方法

我对Snakemake一无所知,但在GNU Make中你可以转换in_files来给出out_files：

in_files = $(wildcard *.IN)
out_files = $(in_files:.IN=.out)

然后你制作一个取决于所有输出的虚拟目标：

all: $(out_files)
.PHONY: all

最后,从一个输入创建一个输出的规则：

%.out: %.IN
    matlab -nosplash -nodesktop -r "a_matlab_function('$<','$@')"

（编辑：李大同）

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