python scipy包进行GO富集分析p值计算
发布时间:2020-12-20 10:54:34 所属栏目:Python 来源:网络整理
导读:最近总是有需要单独对某一个类型的通路进行超几何分布的p值计算,这里记录一下python包的计算方法 使用scipy的stat里面的hypergeom.sf方法进行富集分析的p值计算 hsaxxxxx AA and Linoleic metabolism KEGG pathways Pathways KEGG (Homo sapiens (human)) 5
最近总是有需要单独对某一个类型的通路进行超几何分布的p值计算,这里记录一下python包的计算方法 使用scipy的stat里面的hypergeom.sf方法进行富集分析的p值计算hsaxxxxx AA and Linoleic metabolism KEGG pathways Pathways KEGG (Homo sapiens (human)) 59 17 3586 141 3.32E-11
x: the number of white balls drawn without replacement from an urn which contains both black and white balls. from scipy import stats #需要注意的是16是由17-1得到的 stats.hypergeom.sf(16,3586,141,59) R中的实现方式 phyper(x,m,n,k,lower.tail=FALSE) (编辑:李大同) 【声明】本站内容均来自网络,其相关言论仅代表作者个人观点,不代表本站立场。若无意侵犯到您的权利,请及时与联系站长删除相关内容! |