Python使用defaultdict读取文件各列的方法
发布时间:2020-12-17 08:26:25 所属栏目:Python 来源:网络整理
导读:本篇章节讲解Python使用defaultdict读取文件各列的方法。供大家参考研究具体如下: #!/usr/bin/python"""USAGE: python *.py align_SNP_site out_file"""import sys#import timefrom collections import Counter#t0=time.clock()info=open(sys.arg
本篇章节讲解Python使用defaultdict读取文件各列的方法。分享给大家供大家参考,具体如下: #!/usr/bin/python """USAGE: python *.py align_SNP_site out_file""" import sys #import time from collections import Counter #t0=time.clock() info=open(sys.argv[1]) fast=sys.argv[2] d_c = {} d1={} d2={} for line in info: cols=line.strip().split("t") if cols[0] == "SNP pattern": continue else: d1.setdefault(cols[4],[]).append(cols[1]) d2.setdefault(cols[7],[]).append(cols[1]) #d1.setdefault(cols[0],[]).append(cols[5]) #d2[cols[0]] = "t".join(cols[0:3]) info.close() print len(d1) print len(d2) my_list=[] ref_fa = open("some_example.fasta",'r') for i in ref_fa.readlines(): if i.startswith(">"): my_list.append(i.rstrip()) ref_fa.close() print len(my_list) #sys.exit() result = open(fast,'w') for k,v in d1.iteritems(): cnt1 = Counter(v) #print cnt1 result.write("%st" % k) for i in sorted(cnt1.items(),key = lambda x: x[1],reverse=True): result.write("%st%dt"%(i[0],i[1])) result.write("n") for k,v in d2.iteritems(): cnt2 = Counter(v) #print cnt2 result.write("%st" % k) for i in sorted(cnt2.items(),reverse=False): result.write("%st%dt"%( i[0],i[1])) result.write("n") #t1=time.clock() #print (t1-t0) 更多关于Python相关内容感兴趣的读者可查看本站专题:《Python文件与目录操作技巧汇总》、《Python文本文件操作技巧汇总》、《Python URL操作技巧总结》、《Python图片操作技巧总结》、《Python数据结构与算法教程》、《Python Socket编程技巧总结》、《Python函数使用技巧总结》、《Python字符串操作技巧汇总》及《Python入门与进阶经典教程》 希望本文所述对大家Python程序设计有所帮助。 (编辑:李大同) 【声明】本站内容均来自网络,其相关言论仅代表作者个人观点,不代表本站立场。若无意侵犯到您的权利,请及时与联系站长删除相关内容! |