java – 在MATLAB中更改seqlogo数字的x轴

我不想重写代码来计算权重矩阵(符号高度),你已经这样做了.但是如果你根本不想使用MATLAB的seqlogo,它就可以完成.所以我已经改变了你的最后一行以获得矩阵：

[wm,high_bit_cols ));

文本符号的问题在于您无法精确控制其大小,无法使符号适合文本框.这可能就是MATLAB决定使用java图形对象的原因.但我们可以创建符号图像并处理它们.

这是创建字母图像的代码：

letters = wm{1};
clr = [0 1 0; 0 0 1; 1 0.8 0;1 0 0]; % corresponding colors
for t = 1:numel(letters)
    hf = figure('position',[200 200 100 110],'color','w');
    ha = axes('parent',hf,'visible','off','position',[0 0 1 1]);
    ht = text(50,letters(t),clr(t,:),'units','pixels',...
        'fontsize',100,'fontweight','norm',...
        'vertical','mid','horizontal','center');
    F = getframe(hf); % rasterize the letter
    img = F.cdata;
    m = any(img < 255,3); % convert to binary image
    m(any(m,2),any(m,1))=1; % mask to cut white borders
    imwrite(reshape(img(repmat(m,[1 1 3])),[sum(any(m,2)) sum(any(m,1)) 3]),...
        [letters(t) '.png'])
    close(hf)
end

然后我们使用这些图像绘制新的seqlogo图：

xlabels = cellstr(num2str(find(high_bit_cols)'));
letters = wm{1};
wmat=wm{2}; % weight matrix from seqlogo
[nletters  npos] = size(wmat);
wmat(wmat<0) = 0; % cut negative values

% prepare the figure
clf
hAx = axes('parent',gcf,'on');
set(hAx,'XLim',[0.5 npos+0.5],'XTick',1:npos,'XTickLabel',xlabels)
ymax = ceil(max(sum(wmat)));
ylim([0 ymax])
axpos = get(hAx,'Position');
step = axpos(3)/npos;

% place images of letters
for i=1:npos
    [wms idx] = sort(wmat(:,i)); % largest on the top
    let_show = letters(idx);
    ybot = axpos(2);
    for s=1:nletters
        if wms(s)==0,continue,end;
        axes('position',[axpos(1) ybot step wms(s)/ymax*axpos(4)])
        ybot = ybot + wms(s)/ymax*axpos(4);
        img = imread([let_show(s) '.png']);
        image(img)
        set(gca,'off')
    end
    axpos(1)=axpos(1)+step;
end

结果如下：
alt text http://img716.imageshack.us/img716/2073/seqlogoexample.png

当然,代码和数字可以进一步改进,但我希望这是你可以开始使用的东西.如果我错过了什么,请告诉我.