FreeBSD 3.0 则引入了 ELF binary 格式，并开始支援多 CPU 系统（SMP，Symmetric multiprocessing）以及 64 位元 Alpha 平台。3.x 对于系统做了非常多的改革，这些措施在当时并没有带来好处，但却是 4.X 成功的基石。
FreeBSD 5
最后一个版本的 FreeBSD 5 是 5.5，是在 2006年五月发行的。
在FreeBSD 4的SMP架构下，在同一时间内只允许一个CPU进入核心（即Giant Lock），FreeBSD 5最大的改变在于改善底层核心Locking机制，审视并改写核心程式码，使得不同的CPU可以同时进入系统核心，藉以增加效率。
另外一个重大的改变在于自5.3开始支援m:n执行绪的KSE（Kernel Scheduled Entities），表示m个使用者执行绪共享n个核心执行绪的模式。
这个版本的许多贡献是由于商业化版本的BSD OS团队的支援。
FreeBSD 6
FreeBSD 6为目前的-STABLE发展版本，FreeBSD 6.3在2008年1月18日发行，这个版本主要针对软件的更新，并加入lagg（可以对多张网卡操作）的支援，并引入重新改写的unionfs。
FreeBSD 7
FreeBSD 7为目前第二个-STABLE发展版本，在2007年6月19日进入发行程序，2008年2月27日7.0-RELEASE正式发布。新增的功能包括了：
* SCTP（实做完成）
* 日志式UFS档案系统：gjournal（实做完成）
* 移植升阳所发展的DTrace（实做完成，但还未交付至CVS）
* 移植升阳所发展的ZFS档案系统（实做完成）
* 使用GCC4（移植完成，目前为4.2.1）
* 对ARM与MIPS平台的支援
* 重写过的USB stack（实做完成，但还未交付至CVS）
* Scalable concurrent malloc实做（已经可以使用）
* ULE排程表2.0（SCHED_ULE）（实做完成），并修改加强为SCHED_SMP（实做完成），在交付至CVS时的正式名称为ULE 3.0，这个版本在8核心的机器上以sysbench MySQL测试的结果，速度上比Linux 2.6快大约10%（无论是使用Google的tcmalloc或是glibc+cfs）
* Linux 2.6模拟层（已经可以使用）
* Camellia Block Cipher（实做完成）
FreeBSD 7.3
FreeBSD 7.3发布下载了，在经历了2个FreeBSD 7.3 RC版本之后本次迎来的是FreeBSD 7.3正式版。FreeBSD 7.3目前是FreeBSD 7系列的最新最稳定的版本。
FreeBSD 7.3主要包括如下改进： FreeBSD 7.3升级Gnome到Gnome 2.28.2
FreeBSD 7.3升级KDE到KDE 4.3.5
FreeBSD 7.3升级Perl到Perl 5.10
FreeBSD 7.3升级bind到bind 9.4-ESV
FreeBSD 7.3升级了ZFS到 ZFS 13
FreeBSD 7.3使用了新的gptzfsboot作为boot loader,目前支持GPT和在ZFS
FreeBSD 7.3改进了内核接口hwpmc(4)，以支持最新的Core2/i7处理器
FreeBSD 7.3使用了mfiutil 和 mptutil作为RAID控制器
FreeBSD 8
2009年11月27日发布，增加如下新特性：
* 虚拟化方面：Xen DOM-U、VirtualBox guest及host支持、层次式jail。
* NFS：对NFSv3 GSSAPI的支持，以及试验性的NFSv4
客户端
和服务器。
*?
802.11s
D3.03 wireless mesh网络，以及虚拟Access Point支持。
* ZFS不再是试验性的了。
* 基于Juniper Networks提供
MIPS处理器
的实验性支持。
* SMP扩展性的增强，显著改善在16核心处理器系统中的性能。
* VFS加锁的重新实现，显著改善文件系统的可扩展性。
* 显著缓解缓冲区溢出和内核空指针问题。
* 可扩展的内核安全框架（MAC Framework）现已正式可用。
* 完全重新的USB堆栈改善了性能和设备兼容性，增加了USB target模式。
FreeBSD 9
2012年1月07日发布。
* 采用全新的文本安装器。
* 升级ZFS文件系统。
* LLVM/Clang取代GCC编译器。
* 支持索尼PlayStation 3等
（编辑：李大同）
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