脚本调试: gzip **　unexpected end of file　perl

错误提示: ?gzip:? myfile.clean.fq.gz : unexpected end of file

程序描述: 利用perl脚本过滤 fastq 格式的 reads 文件. 解压读取文件时出错.

原因猜测:? myfile.clean.fq.gz 文件的结尾没有标准的文件结束标识符.

诊断过程: 百度搜索?unexpected end of file?得知,这个错误一般发生在window下写好的脚本,拷贝到 linux 运行是出错,是由不同系统文件格式引起的. 我的情况似乎不存在这个问题,因为reads文件都是在服务器生成的.?

果断换 google 搜索,看到帖子 http://superuser.com/questions/279201/unexpected-end-of-file-gzip-compressed-file,? Xan的回答,可能是文件没有下载完全.突然恍然大悟的去检查了 MD5check的结果,果然发现有两个文件没有通过校验. 可能是中途断网了,文件都没有上传完全,当然不会有标准的文件结尾了. 重新检查原始数据的MD5,也证明原始数据没错. 重新上传文件. 解决问题!! 还是有点儿大意了,MD5check一直都是通过的,就放松警惕了. 一定要严格按照流程来操作,不能偷懒.