perl函数substr

发布时间：2020-12-15 23:43:56 所属栏目：大数据来源：网络整理

导读：把DNA序列经过整合成一行，然后去除所有的空白字符以后，又把$DNA通过split函数变成了数组，然后进行统计，那有没有更好的办法呢？其实perl里有一个函数，substr。我们先来看一看这个函数的用法，substr是针对一个大字符串的操作符（The substr function w

把DNA序列经过整合成一行，然后去除所有的空白字符以后，又把$DNA通过split函数变成了数组，然后进行统计，那有没有更好的办法呢？

其实perl里有一个函数，substr。

我们先来看一看这个函数的用法，substr是针对一个大字符串的操作符（The substr function works with only a part of a larger string )言外之意就是对一个很长的字符串，进行片段化处理，取其中的一部分。我们这里用到的就是这个特性。

$little_string =substr($large_string,$start_position,$length)

$小片段=substr（$大片段，$你要截取的小片段的起始位置，$你要截取的长度）

我们这里为了统计DNA中各种碱基的数量，所以要处理的字符串是一个碱基，所以我们要把$length设置为1。这样才能够满足我们的需求。

下面我们把修改过的代码写下：

[plain] view plain copy print ?

#下面的程序是用来计算一段DNA序列中ATGC的数量的??
??
#首先定义四种碱基的数量为0??
$count_A=0;??
$count_T=0;??
$count_C=0;??
$count_G=0;??
#首先要先把序列进行合并成一行??
??
#先确定所要处理的文件的路径及文件名（在windows系统下面要按照这样的例子写??
#f:perldata.txt??
print?"please?input?the?Path?just?like?this?f:\perl\data.txtn";??
chomp($dna_filename=<STDIN>);??
#打开文件??
open(DNAFILENAME,$dna_filename)||die("can?not?open?the?file!");??
#将文件赋予一个数组??
@DNA=<DNAFILENAME>;??
??
#以下两步要把所有的行合并成一行，然后去掉所有的空白符??
$DNA=join('',@DNA);??
$DNA=~s/s//g;??
??
??
#然后依次读取字符串的元素，并对四种碱基的数量进行统计??
for?($position=0;$position<length?$DNA;++$position)??
{??
????$base=substr($DNA,$position,1);??
????if?($base?eq?'A')??
????{??
????????$count_A=$count_A+1;??
????}??
????elsif?($base?eq?'T')??
????{??
????????$count_T=$count_T+1;??
????}??
????elsif?($base?eq?'C')??
????{??
????????$count_C=$count_C+1;??
????}??
????elsif?($base?eq?'G')??
????{??
????????$count_G=$count_G+1;??
????}??
????else??
????{??
????????print?"errorn"??
????}??
}??
#输出最后的结果??
print?"A=$count_An";??
print?"T=$count_Tn";??
print?"C=$count_Cn";??
print?"G=$count_Gn";??
??
??????

得到的结果如下：

[plain] view plain copy print ?

F:&;perla.pl??
please?input?the?Path?just?like?this?f:perldata.txt??
f:perldata.txt??
error??
A=40??
T=17??
C=27??
G=24??
??
F:&;?

（编辑：李大同）

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