生物信息学 – 使用perl 6计数DNA核苷酸

发布时间：2020-12-15 22:05:49 所属栏目：大数据来源：网络整理

导读：下午好,我正在尝试使用perl6.i计算字母A C T G在DNA序列中出现的次数我试过其他方式我只是试图以另一种方式完成它.以下是我提出的一些代码 use v6;my $default-input = "AGCTTTTCATTCTGACTGCAACGGGCAATATGTCTCTGTGTGGATTAAAAAAAGAGTGTCTGATAGCAGC";sub MAIN

下午好,我正在尝试使用perl6.i计算字母A C T G在DNA序列中出现的次数我试过其他方式我只是
试图以另一种方式完成它.以下是我提出的一些代码

use v6;

my $default-input = "AGCTTTTCATTCTGACTGCAACGGGCAATATGTCTCTGTGTGGATTAAAAAAAGAGTGTCTGATAGCAGC";

sub MAIN(Str $input = $default-input) 
{
    say "{bag($input.comb)<A C G T>}";
}



use v6;

my $default-input = "AGCTTTTCATTCTGACTGCAACGGGCAATATGTCTCTGTGTGGATTAAAAAAAGAGTGTCTGATAGCAGC";

sub MAIN($input = $default-input) 
{
    "{<A C G T>.map({ +$input.comb(/$_/) })}".say;

样本数据集
AGCTTTTCATTCTGACTGCAACGGGCAATATGTCTCTGTGTGGATTAAAAAAAGAGTGTCTGATAGCAGC

解决方法

multi sub MAIN ( DNA ) {
  my Int %bag = A => 0,C => 0,G => 0,T => 0;

  # doesn't keep the whole thing in memory
  # like .comb.Bag would have
  for DNA.comb {
    %bag{$_}++
  }
  .say for %bag<A C G T> :p;
}

multi sub MAIN ( 'example' ){
  samewith "AGCTTTTCATTCTGACTGCAACGGGCAATATGTCTCTGTGTGGATTAAAAAAAGAGTGTCTGATAGCAGC"
}

multi sub MAIN ( Bool :STDIN($)! ){
  samewith $*IN
}

multi sub MAIN ( Str :filename(:$file)! where .IO.f ){
  samewith $file.IO
}

~$./test.p6
Usage:
  ./test.p6 <DNA> 
  ./test.p6 example 
  ./test.p6 --STDIN 
  ./test.p6 --filename|--file=<Str>

~$./test.p6 example
A => 20
C => 12
G => 17
T => 21

~$./test.p6 --STDIN < test.in
A => 20
C => 12
G => 17
T => 21

~$./test.p6 --file=test.in
A => 20
C => 12
G => 17
T => 21

（编辑：李大同）

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