gff文件从gene的pos位点在基因组里面抽取序列
发布时间:2020-12-15 21:11:01 所属栏目:大数据 来源:网络整理
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以下代码由PHP站长网 52php.cn收集自互联网 现在PHP站长网小编把它分享给大家,仅供参考 open FASTA,"$ARGV[0]" or die "can not open GFF file,$!"; open GFF,"$ARGV[1]" or die "can not open FASTA file,$!"; while (<FASTA>) { chomp; if (/>/){$key=$_;$key =~ s/>//g;} else {$hash{$key}.=$_} }#把基因序列文件扫描进去hash表 while (<GFF>) { chomp; @F=split; next unless $F[2] eq "gene"; $out=substr($hash{$F[0]},$F[3]-1,$F[4]-1); print ">$F[1]n$outn"; } 以上内容由PHP站长网【52php.cn】收集整理供大家参考研究 如果以上内容对您有帮助,欢迎收藏、点赞、推荐、分享。 (编辑:李大同) 【声明】本站内容均来自网络,其相关言论仅代表作者个人观点,不代表本站立场。若无意侵犯到您的权利,请及时与联系站长删除相关内容! |