enzyme design 整体流程及感想

发布时间：2020-12-14 03:50:00 所属栏目：大数据来源：网络整理

导读：想起什么来写什么吧。结果处理：对设计出来的众多结果进行筛选，筛选规则的原文如下： One approach currently used in the Baker group is the following: first,a subset of the 4 - 5 most important criteria is picked,i.e. total_score,ligand bindi

想起什么来写什么吧。

结果处理：

对设计出来的众多结果进行筛选，筛选规则的原文如下：

One approach currently used in the Baker group is the following: first,a subset of the 4-5 most important criteria is picked,i.e. total_score,ligand binding energy/SR_interface_E_1_2,total constraint score of the catalytic residues (all_cst),packstat,and buried unsatisfied polars of the ligand. Then,for each of these criteria,a minimum value is decided,which all designs considered for expression have to exceed ( i.e. total_score has to be lower than the corresponding Rosetta score of the undesigned scaffold,ligand_binding energy has to be < -10.0,and all_cst has to be < 1.0 ).

大体过程是：

首先，确定4-5个重要的对设计重要的特征，如total_score,buried unsatisfied polars of the ligand等；

然后，确定每一个特征标准或者称为临界值，例如ligand_binding energy has to be < -10.0，又如 all_cst has to be < 1.0等；

最后，使用?DesignSelect.pl?脚本筛选出符合标准的设计。

DesignSelect.pl脚本的用法：

首先，需要准备一个标准或者临界值文件，如下：

req all_cst value < 1.0
req SR_4_interf_E_1_2 value < -10.0
output sortmin total_score

然后，使用命令：

DesignSelect.pl -d design.out -c <requirements file> -tag_column last > filtered_designs.out

对结果处理，得到的文件filtered_designs.out里包含符合我们条件的entry。

故障报错：

1. ERROR: unknown atom_name: TPP? ?C

准备好flag文件，xml文件等后，运行?rosetta_scripts.linuxgccrelease @flags?：

出现错误：ERROR: unknown atom_name: TPP? ?C

没有排查出错误出处，由低版本（2016）换高版本rosetta_scripts（2018）运行后，问题解决。

（编辑：李大同）

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