WES流程pipline
发布时间：2020-12-14 03:46:02 所属栏目：大数据 来源：网络整理
导读：一） 安装流程软件 下载软件，配置环境变量，这里不做介绍 在/home/jxdong/WES/下建立以下文件夹：mkdir { raw, qc,clean,result,src} NCBI/public/sra：放置 下载的原始sra数据（ 自动生成的） raw文件夹:将sra原始数据处理成fastq数据 src文件：放置流程中
一） 安装流程软件下载软件，配置环境变量，这里不做介绍 在/home/jxdong/WES/下建立以下文件夹：mkdir {raw,qc,clean,result,src} NCBI/public/sra：放置下载的原始sra数据（自动生成的） raw文件夹:将sra原始数据处理成fastq数据 src文件：放置流程中所用脚本，shell qc文件夹：用于存放qc结果 doc文件：用于放置配置文件 clean 文件夹：放置过滤后的数据 result文件夹：用于放置流程每一步的结果文件 二）查看原始数据
三）对数据质控与过滤 #####cat step1_qc.sh#################质控(fastqc)##################
find /home/jxdong/WES/raw/ -name *gz |xargs fastqc -t 10 -o /home/jxdong/WES/qc
############必要的文件制作##################
find /home/jxdong/WES/raw/ -name *gz | grep 1.fastq.gz > /home/jxdong/WES/doc/read1.txt
find /home/jxdong/WES/raw/ -name *gz | grep 2.fastq.gz > /home/jxdong/WES/doc/read2.txt
paste /home/jxdong/WES/doc/read1.txt /home/jxdong/WES/doc/read2.txt > /home/jxdong/WES/doc/read_1_2.txt
###########trim_galore过滤###############
cat /home/jxdong/WES/doc/read_1_2.txt |while read line
do
arr=(${line})
fq1=${arr[0]}
fq2=${arr[1]}
echo $fq1 $fq2
trim_galore -q 25 --phred33 --length 36 -e 0.1 --stringency 3 --paired -o /home/jxdong/WES/clean $fq1 $fq2
done####投递脚本nohup bash step1_qc.sh &
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