foreach％dopar％RPostgreSQL

发布时间：2020-12-13 16:12:58 所属栏目：百科来源：网络整理

导读：我正在使用RPostgreSQL连接到本地数据库.该设置在我的 Linux机器上运行正常. R 2.11.1,Postgres 8.4. 我使用多核(doMC)并行后端玩’foreach’来包装一些重复查询(编号为几千)并将结果附加到数据结构中.奇怪的是,如果我使用％do％但是当我切换到％dopar％时会

我正在使用RPostgreSQL连接到本地数据库.该设置在我的 Linux机器上运行正常. R 2.11.1,Postgres 8.4.

我使用多核(doMC)并行后端玩’foreach’来包装一些重复查询(编号为几千)并将结果附加到数据结构中.奇怪的是,如果我使用％do％但是当我切换到％dopar％时会失败,只有一次迭代时会出现异常(如下所示)

我想知道它是否与单个连接对象有关,所以我创建了10个连接对象,并且取决于我是什么,为该查询给出了某个con对象,具体取决于i modulo 10.(仅在下面表示2个连接对象).被评估的表达式eval(expr.01),包含/是取决于’i’的查询.

我无法理解这些特定的错误消息.我想知道是否有任何方法可以使这项工作.

谢谢.
Vishal Belsare

R片段如下：

> id.qed2.foreach <- foreach(i = 1588:1588,.inorder=FALSE) %dopar% { 
+ if (i %% 2 == 0) {con <- con0}; 
+ if (i %% 2 == 1) {con <- con1}; 
+ fetch(dbSendQuery(con,eval(expr.01)),n=-1)$idreuters};
> id.qed2.foreach
[[1]]
  [1]   411   414  2140  2406  4490  4507  4519  4570  4571  4572  4703  4731
[109] 48765 84312 91797

> id.qed2.foreach <- foreach(i = 1588:1589,n=-1)$idreuters};
Error in stop(paste("expired",class(con))) : 
  no function to return from,jumping to top level
Error in stop(paste("expired",jumping to top level
Error in { : 
  task 1 failed - "error in evaluating the argument 'res' in selecting a method for function 'fetch'"
>

编辑：我改变了一些东西,(仍然不成功),但有一些事情被曝光.在循环中创建的连接对象并未通过dbDisconnect“断开连接”,导致挂起连接,如Postgres的/ var / log所示.我这样做时会出现一些新的错误消息：

> system.time(
+ id.qed2.foreach <- foreach(i = 1588:1590,.inorder=FALSE,.packages=c("DBI","RPostgreSQL")) %dopar% {drv0 <- dbDriver("PostgreSQL"); 
con0 <- dbConnect(drv0,dbname='nseindia');
list(idreuters=fetch(dbSendQuery(con0,n=-1)$idreuters);
dbDisconnect(con0)})
Error in postgresqlExecStatement(conn,statement,...) : 
  no function to return from,jumping to top level
Error in postgresqlExecStatement(conn,jumping to top level
Error in { : 
  task 1 failed - "error in evaluating the argument 'res' in selecting a method for function 'fetch'"

每个worker创建一次数据库连接效率更高,而不是每个任务一次.不幸的是,mclapply在执行任务之前没有提供初始化工作程序的机制,因此使用doMC后端执行此操作并不容易,但如果使用doParallel后端,则可以使用clusterEvalQ初始化工作程序.以下是如何重构代码的示例：

library(doParallel)
cl <- makePSOCKcluster(detectCores())
registerDoParallel(cl)

clusterEvalQ(cl,{
  library(DBI)
  library(RPostgreSQL)
  drv <- dbDriver("PostgreSQL")
  con <- dbConnect(drv,dbname="nsdq")
  NULL
})

id.qed.foreach <- foreach(i=1588:3638,.noexport="con","RPostgreSQL")) %dopar% {
  lst <- eval(expr.01)  #contains the SQL query which depends on 'i'
  qry <- dbSendQuery(con,lst)
  tmp <- fetch(qry,n=-1)
  dt <- dates.qed2[i]
  list(date=dt,idreuters=tmp$idreuters)
}

clusterEvalQ(cl,{
  dbDisconnect(con)
})

由于doParallel和clusterEvalQ使用相同的集群对象cl,因此foreach循环在执行任务时可以访问数据库连接对象con.

（编辑：李大同）

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